ChatSpatial

자연어를 통한 공간 전사체 분석을 위한 MCP 서버

Paper MLGenX @ ICLR 2026 ENAR 2026 IBC 2026 PyPI Python 3.11-3.13 License: MIT Docs

ChatSpatial은 임시 LLM 코드 생성을 스키마 강제 오케스트레이션으로 대체합니다. LLM은 임의의 스크립트를 생성하는 대신, 큐레이팅된 레지스트리에서 도구와 매개변수를 선택하여 세션과 클라이언트 전반에 걸쳐 공간 전사체 워크플로우의 재현성을 높입니다.

이 서버는 60개 이상의 공간 전사체 분석 메서드를 MCP 도구로 노출하므로, MCP 호환 클라이언트는 자연어를 통해 데이터를 분석할 수 있습니다.

시작하기

ChatSpatial 설치 — 설치 가이드
MCP 클라이언트 구성 — 구성 가이드
첫 번째 분석 실행 — 빠른 시작

최소 예시 프롬프트:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and show me the tissue structure

ChatSpatial은 모든 MCP 호환 클라이언트(Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode 및 기타 MCP 지원 도구)와 함께 작동합니다.

기능

11개 카테고리에 걸친 60개 이상의 메서드. 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH를 지원합니다.

카테고리	메서드
공간 도메인	SpaGCN, STAGATE, GraphST, BANKSY, Leiden, Louvain
디컨볼루션	FlashDeconv, Cell2location, RCTD, DestVI, Stereoscope, SPOTlight, Tangram, CARD
세포 간 통신	LIANA+, CellPhoneDB, CellChat (`cellchat_r`), FastCCC
세포 유형 주석	Tangram, scANVI, CellAssign, mLLMCelltype, scType, SingleR
차등 발현	Wilcoxon, t-test, 로지스틱 회귀, pyDESeq2
궤적 및 속도	CellRank, Palantir, DPT, scVelo, VeloVI
공간 통계	Moran's I, Local Moran, Geary's C, Getis-Ord Gi*, Ripley's K, 공발생(Co-occurrence), 이웃 농축, 중심성 점수, Local Join Count, 네트워크 속성
농축 분석	GSEA, ORA, Enrichr, ssGSEA, Spatial EnrichMap
공간 유전자	SpatialDE, SPARK-X, FlashS
통합	Harmony, BBKNN, Scanorama, scVI
기타	CNV 분석 (InferCNVPy, Numbat), 공간 등록 (PASTE, STalign)

문서

가이드	내용
설치	환경 설정, 패키지 설치, 플랫폼 참고 사항
빠른 시작	설정 후 첫 번째 성공적인 분석
개념	메서드 선택 및 분석 추론
예시	프롬프트 레시피 및 워크플로우 예시
구성	정확한 MCP 클라이언트 구성 구문
문제 해결	증상별 해결 가이드
메서드 참조	표준 도구 매개변수 및 기본값
전체 문서	전체 문서 사이트

인용

연구에 ChatSpatial을 사용하는 경우 다음을 인용해 주십시오:

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}

ChatSpatial은 많은 훌륭한 타사 메서드를 오케스트레이션합니다. 분석에 사용된 원본 도구도 함께 인용해 주십시오.

기여

문서 개선, 버그 보고서 및 새로운 분석 메서드 기여를 환영합니다. CONTRIBUTING.md를 참조하십시오.

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