ChatSpatial

MCP-Server für die räumliche Transkriptomik-Analyse mittels natürlicher Sprache

ChatSpatial ersetzt die Ad-hoc-Generierung von LLM-Code durch schema-erzwungene Orchestrierung. Anstatt beliebige Skripte zu generieren, wählt das LLM Tools und Parameter aus einem kuratierten Register aus, wodurch räumliche Transkriptomik-Workflows über Sitzungen und Clients hinweg reproduzierbarer werden.

Es stellt über 60 Methoden der räumlichen Transkriptomik als MCP-Tools bereit, sodass jeder MCP-kompatible Client Daten mittels natürlicher Sprache analysieren kann.

Hier starten

1. ChatSpatial installieren — Installationsanleitung

2. MCP-Client konfigurieren — Konfigurationsanleitung

3. Erste Analyse ausführen — Schnellstart

Minimales Beispiel-Prompt:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and show me the tissue structure

ChatSpatial funktioniert mit jedem MCP-kompatiblen Client — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode und anderen MCP-fähigen Tools.

Funktionen

Über 60 Methoden in 11 Kategorien. Unterstützt 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Dokumentation

Zitieren

Wenn Sie ChatSpatial in Ihrer Forschung verwenden, zitieren Sie bitte:

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}

ChatSpatial orchestriert viele exzellente Methoden von Drittanbietern. Bitte zitieren Sie auch die Original-Tools, die in Ihrer Analyse verwendet wurden.

Mitwirken

Verbesserungen der Dokumentation, Fehlerberichte und neue Analysemethoden sind willkommen. Siehe CONTRIBUTING.md.

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