ChatSpatial

Servidor MCP para análisis de transcriptómica espacial mediante lenguaje natural

ChatSpatial reemplaza la generación de código LLM ad-hoc con una orquestación forzada por esquema. En lugar de generar scripts arbitrarios, el LLM selecciona herramientas y parámetros de un registro curado, haciendo que los flujos de trabajo de transcriptómica espacial sean más reproducibles entre sesiones y clientes.

Expone más de 60 métodos de transcriptómica espacial como herramientas MCP, por lo que cualquier cliente compatible con MCP puede analizar datos a través del lenguaje natural.

Empieza aquí

1. Instalar ChatSpatial — Guía de instalación

2. Configurar tu cliente MCP — Guía de configuración

3. Ejecutar tu primer análisis — Inicio rápido

Ejemplo de prompt mínimo:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and show me the tissue structure

ChatSpatial funciona con cualquier cliente compatible con MCP — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode y otras herramientas capaces de usar MCP.

Capacidades

Más de 60 métodos en 11 categorías. Compatible con 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Documentación

Citación

Si utiliza ChatSpatial en su investigación, por favor cite:

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}

ChatSpatial orquesta muchos métodos excelentes de terceros. Por favor, cite también las herramientas originales que utilizó en su análisis.

Contribución

Las mejoras en la documentación, los informes de errores y los nuevos métodos de análisis son bienvenidos. Consulte CONTRIBUTING.md.

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