ChatSpatial

MCP-сервер для анализа пространственной транскриптомики с помощью естественного языка

ChatSpatial заменяет генерацию кода LLM «на лету» оркестрацией на основе схем. Вместо создания произвольных скриптов LLM выбирает инструменты и параметры из курируемого реестра, что делает рабочие процессы пространственной транскриптомики более воспроизводимыми в разных сессиях и клиентах.

Он предоставляет более 60 методов пространственной транскриптомики в качестве инструментов MCP, поэтому любой MCP-совместимый клиент может анализировать данные с помощью естественного языка.

С чего начать

1. Установите ChatSpatial — Руководство по установке

2. Настройте ваш MCP-клиент — Руководство по настройке

3. Запустите свой первый анализ — Краткое руководство

Пример минимального запроса:

Load /absolute/path/to/spatial_data.h5ad and show me the tissue structure

ChatSpatial работает с любым MCP-совместимым клиентом — Claude Code, Claude Desktop, Codex, OpenCode и другими инструментами, поддерживающими MCP.

Возможности

Более 60 методов в 11 категориях. Поддержка 10x Visium, Xenium, Slide-seq v2, MERFISH, seqFISH.

Документация

Цитирование

Если вы используете ChatSpatial в своем исследовании, пожалуйста, процитируйте:

@article{Yang2026.02.26.708361,
  author = {Yang, Chen and Zhang, Xianyang and Chen, Jun},
  title = {ChatSpatial: Schema-Enforced Agentic Orchestration for Reproducible and Cross-Platform Spatial Transcriptomics},
  elocation-id = {2026.02.26.708361},
  year = {2026},
  doi = {10.64898/2026.02.26.708361},
  publisher = {Cold Spring Harbor Laboratory},
  URL = {https://www.biorxiv.org/content/early/2026/03/01/2026.02.26.708361},
  journal = {bioRxiv}
}

ChatSpatial оркестрирует множество отличных сторонних методов. Пожалуйста, также цитируйте оригинальные инструменты, которые использовались в вашем анализе.

Вклад в проект

Улучшения документации, отчеты об ошибках и новые методы анализа приветствуются. См. CONTRIBUTING.md.

Лицензия MIT · GitHub · Проблемы