pipeline_run
Plans and launches an MS-DIAL Console pipeline from raw lipidomics data, returning a pipeline path and launch status. Use after checking for existing MS-DIAL outputs and obtaining Console permission.
Instructions
計画と起動を一括実行する。生データから MS-DIAL Console を回す補助経路の入口。
先にフォルダに MS-DIAL を動かした形跡(.arf 等の出力)があるかを確かめ、
あれば load_dataset で下流へ進む(主経路)。形跡が無いときだけ、ユーザーに
Console を回してよいか許可を取り、同意を得てからこのツールを呼ぶ。起動前に
解決結果(method file・LBM・極性)を見たいときは pipeline_plan。引数は
pipeline_plan と同じ。
短時間で pipeline_path を返す——起動受理は、workerのidentity保存と
起動handshakeを確認した後に返すが、応答待ちには短い上限があり、上限に
達しても起動失敗と決め付けず再起動もしない(launch.handshake が
"not_confirmed" になるだけで、pipeline_status で追跡できる)。
launch キーは実際にworkerを起動した(launched=true)ときだけ含まれる。
不正なsample_manifest等を検出した場合や、find_or_create_run が既存run
(活動中/completed/失敗・取消・部分完了済み)を再利用した場合は
launched=false のみを返し、launch キー自体を持たない(起動していない
以上、handshake結果も存在しない)。既存runを本当に進めたい場合は
pipeline_resume を使う。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| request | No | ||
| request_id | No | ||
| dataset_root | Yes |