console_plan
Creates an MS-DIAL Console execution plan and analysis-job.json from raw data, resolving method and library files, validating polarity/omics settings, and preparing the job for execution.
Instructions
MS-DIAL Console の実行計画を作成し、analysis-job.json を生成します。
Parameters
dataset_root:
生データフォルダのパス。MS-DIAL が読む 12 形式
(.abf / .ibf / .cdf / .mzml / .wiff / .raw / .d / .wiff2 /
.qgd / .lcd / .lrp / .imzml)が入っているフォルダを指します。
Agilent・Bruker の .d と Waters の .raw はフォルダが 1 検体です。
リポジトリ外のパスを指定してください。
method_file:
MS-DIAL Console のパラメータファイル(ASCII テキスト。key: value 形式)。
省略できます — 省略時は dataset_root 直下・兄弟フォルダ・過去 run
(runs/*/analysis-job.json)まで探し、Ion mode が polarity と
一致する最新のものを使います。一致が無く別極性の候補があれば
METHOD_FILE_CHOICE_REQUIRED で止まります(候補の列挙だけなら
console_method_candidates)。
.mdproject / .mddata は使えません(ZIP なので Console は中身を
読めず、全パラメータが既定値のまま実行されます)。
lbm_file:
脂質ライブラリ(.lbm2)のパス。省略時は「メソッドファイルの宣言 →
ビルド生成物(MsdialWorkbench をソースからビルドしている場合) →
[msdial] lbm(lipidmix.local.toml)か環境変数 MSDIAL_LBM →
Console の実行体([msdial] exe / MSDIAL_EXE)と同じフォルダ」の順に、MS-DIAL GUI と
同じ規則で自動解決します。GUI 由来のパラメータは Lbm file path: が
必ず空なので、この自動解決が無いと警告なしで同定 0 件になります。
自動補完(宣言より後ろの 3 つ)は lipidomics だけです。引数と宣言は
metabolomics でも使います(Console は omics を問わず LBM で脂質を同定する)。
解決した LBM と、相対で宣言されたライブラリ類のパス(Msp file path
Text DB file path 等)は、メソッドファイル基準の絶対パスにして
run_dir/effective-method.txt へ書きます(Console は相対パスを
自分の作業フォルダ基準で読み、見つからなければ黙って飛ばすため)。
polarity:
"positive" または "negative"。
measure:
"peak_height"(既定)または "peak_area_above_zero"。
現行 MS-DIAL Console は peak_height のみ正確に出力します。
"peak_area_above_zero" を指定すると UNSUPPORTED_AREA_CONSOLE で停止します。
omics:
"lipidomics"(既定)または "metabolomics"。
save_project:
True(既定)なら MS-DIAL Console に -p を渡し、GUI で開ける
.mdproject を出力フォルダに生成させます。
timeout_s:
MS-DIAL Console のタイムアウト秒数(既定 21600 = 6 時間)。
実測では 4 サンプルで約 3 分。60 サンプル規模では 1 時間を超え得ます。
keep_extension:
アライメントする計測形式(例 "wiff" / "wiff2")。dataset_root に形式が
混在しているとき(SCIEX は 1 測定につき .wiff と .wiff2 ができる)に
使います。省略して混在していれば、選べる形式を choices に入れた
MIXED_RAW_FORMATS を返すので、そこから選んで呼び直してください。
指定すると、その形式の計測ファイルと随伴ファイルだけを集めたフォルダを
<元フォルダ>_<拡張子> にハードリンクで作り(既にあれば欠けている分だけ
補う)、そちらで計画します。元フォルダは変更しません。
library_mode:
"auto"(既定)か "msp_only"。"msp_only" は LBM を使わず、研究室の参照ライブラリ
(.msp)だけで同定する: 実効メソッドの Lbm file path を空にし、Msp file path に
msp_file か極性の設定(環境変数 MSDIAL_MSP_POS / MSDIAL_MSP_NEG →
lipidmix.local.toml の [library] msp_positive / msp_negative)を書き、メソッドが宣言する
Text DB と MSP / Text の注釈器設定表を空にする(消したキーは removed_declarations)。
メソッドの Msp file path の宣言は使わない。MSP が決まらなければ MSP_NOT_CONFIGURED /
MSP_NOT_FOUND で止まり、ジョブを作らない。lbm_file とは同時に指定できない。
戻り値の msp はファイル名と出どころだけで、ライブラリの置き場所は返さない。
msp_file:
library_mode="msp_only" で使う MSP の明示パス(設定より優先)。"auto" では指定できない。
成功すると session.current_job_path にジョブパスが設定され、 console_run でそのまま実行できます。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| omics | No | lipidomics | |
| measure | No | peak_height | |
| lbm_file | No | ||
| msp_file | No | ||
| polarity | No | positive | |
| timeout_s | No | ||
| method_file | No | ||
| dataset_root | Yes | ||
| library_mode | No | auto | |
| save_project | No | ||
| keep_extension | No |