dataset_export_differential
Exports a selected differential analysis result to a single InChIKey-annotated TSV for downstream pathway analysis, applying curation filters by default and rejecting stale results.
Instructions
指定した差次的結果を InChIKey 付きの 1 ファイルへ書き出す。
先に dataset_preprocess → dataset_differential を実行しておくこと。 出力は arf_export_differential と同一の契約(15 列 + contract_version メタ行)なので、下流のパスウェイ解析にそのまま渡せる。
apply_curation(既定 true): curation_submit で wrong を付けたスポットを
同定なしとして扱い、出力から外す。フラグがあればメタ行 # curation = ... で
適用状況を宣言する。フラグが無ければ出力は変わらない。成功 payload の
curation は {state, wrong_excluded, suspect, orphaned}(arf_export_differential と
同じ形)。assign(curation_submit の候補付け)は同定を置き換え(name_source /
inchikey_source = curation)、redundant は除外する。どちらかがあれば curation に
assigned と redundant_excluded が足される。
フラグ記録に読めない行があれば書き出さずに CURATION_FLAGS_INVALID。
result_id: 書き出す結果を名指しする(省略時は直近の差次的結果)。
前処理をやり直した後の古い結果は書き出しません(STALE_ANALYSIS_RESULT)。
古い数字に現在の前処理条件のラベルが付いた TSV は、どちらも正しく見えて
ずれが分からなくなります。
InChIKey は DatasetState.feature_metadata から取る(mzTab-M の database_identifier / InChI / SMILES 由来。.arf2 との結合は不要)。 濃縮解析の背景を保つため、有意な行だけでなく InChIKey が付いた全行を出す。 ontology と msi_level は mzTab-M に対応物が無いため空欄で、その旨をメタ行に 書く(空欄を「該当なし」と読み違えさせない)。メタ行には result_id と preprocess_id も入るので、あとから「どの計算の出力か」を辿れる。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| result_id | No | ||
| output_path | Yes | ||
| apply_curation | No |