curation_submit
Records curation flags for lipidomics spots from submitted review text or structured flags, then updates MS-DIAL alignment tags while preserving a backup.
Instructions
キュレーションのフラグを記録する(追記。フラグの無いスポットは「間違っていない」で何も書かない)。
ユーザーがビューアの「送信用テキストをコピー」で貼った文をそのまま submission_text に渡す
(CURATION_SUBMIT で始まる行だけを読む。書き写さないこと)。直接渡すなら review_id と
flags=[{"spot_id": 12, "flag": "wrong" | "suspect" | "confirmed" | "clear", "note": "..."}]
(confirmed = 注釈が正しいと確かめた。wrong / suspect と排他)。
候補付け(cs-…)の送信は flags=[{spot_id, flag: assign|redundant|clear, candidate: "L1"|"R1", level: sum|species, note}]。候補の中身(名前・InChIKey)は保存済みの候補付けから展開するので、
送信側で名前を書かない。assign / redundant は _tags.xml を変えない。
source は誰の判断か: ユーザー自身の判断は "user"、LLM の提案にユーザーがチャットで同意した
ものは "llm"。ユーザーの同意なしに呼ばない。
不正な要素が 1 つでもあれば何も書かずにエラーを返す(同じ spot_id を 1 回の送信で
2 回以上名指しした場合も含む——どちらを採るか決められないため)。
レビューはセッションの記録 → 送信用テキストの arf2_path → file_path(レビューを
作った .arf2)→ 既定の .arf2 の順に探すので、サーバ再起動の後でも貼った文で送れる。
記録の後、アラインメントの _tags.xml に反映する(wrong → Misannotation を付け Confirmed を外す、
confirmed → Confirmed を付け Misannotation を外す、suspect → Confirmed を外す、clear → 両方外す。
控えは curation/tags-backup/)。結果は tags_xml(added / removed は Misannotation、
confirmed は Confirmed の変化)。
反映に失敗しても記録は残る。MS-DIAL でプロジェクトを開いたままだと GUI の保存で
上書きされるので、tags_xml.note をユーザーに伝える。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| flags | No | ||
| source | No | user | |
| file_path | No | ||
| review_id | No | ||
| submission_text | No |