curation_review
Generates a ranked review of annotated lipidomics spots, flagging suspect or likely wrong annotations via EIC, m/z, RT, and trend checks, with a TSV summary and HTML viewer.
Instructions
注釈付きスポットを一覧で確かめるレビューを作る(EIC・対向プロット・Δppm・ΔRT・
RT–m/z 傾向と機械判別)。先に library_load(アラインメントに使われた
*_Loaded.msp2.dbs を推奨)。
対象: 既定は注釈付き全部。ontology=["PG"] でクラス、name_contains で名前の部分一致。
戻り値は suspect 以上(とフラグ済み)のスポットだけの TSV(判定の重い順に先頭 max_rows
行、既定 100。総数は n_table_rows_total、載せた数は n_table_rows_shown。全件は
HTML ビューアにある)、判定の件数、クラス別の傾向要約(点数・R²・外れ数)、HTML
ビューアのパス。file_ids は .arf の行にある試料 ID だけ(無い ID はエラー)。
EIC 系列やスペクトルは返さない——ユーザーには
html_path をブラウザで開いてもらい、ビューアの Submit で送ってもらう(記録と
_tags.xml の反映はビューアが直接行う。submit.via == "viewer")。送信用テキストを貼るよう
頼まない。送った結果は curation_flags で確かめられる。Copy のテキストが貼られたとき
(受け口の時間切れ・submit.via == "copy")は従来どおり curation_submit(submission_text=...) に渡す。
判定: likely_wrong(強い不一致: polarity_mismatch / precursor_unmatched / dmz_out /
class_rule_rejected(MS-DIAL の脂質クラス規則による棄却で、脂質規則が走ったデータに限る)/
adduct_isomer_of:(m/z が同時溶出する証拠の強い別物質スポットの別アダクトで説明できる。
相手はレビューの対象に絞らずアラインメント全体から探す))、
suspect(ppm_out / low_score / drt_out / eic_poor / adduct_isomer_minor_of:、
または弱い兆候の重なり)、ok。
RT–m/z 傾向(trend_outlier)は補強にしか使わない。UNKNOWN は不一致に数えない。
thresholds で既定のしきい値(ppm_pass=5, ppm_borderline=10, drt_pass=0.5 分 など)を上書きできる。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| file_ids | No | ||
| max_rows | No | ||
| ontology | No | ||
| file_path | No | ||
| max_traces | No | ||
| thresholds | No | ||
| name_contains | No |