arf_plot_species
Plots selected lipid classes or molecular species as one panel per species, comparing sample values by group using share or peak-height values.
Instructions
選んだクラスを分子種（アラインメントスポット）に展開し、1 分子種 1 パネルで群ごとの試料別の値を並べる。
items: クラス名（.arf2 の Ontology に完全一致）は配下のスポットに展開、それ以外は分子種名。 同じ名前でも付加イオンが違えば別パネル（見出しに付加イオンと ID）。1 回 40 パネルまで。
groups: arf_plot_group_intensity と同じトークン規則（QC・ブランクは qc / blank を書いたときだけ）。
value: "share"（既定。試料ごとに 高さ ÷ 分母の合計 × 100。棒 = 群平均、ひげ = SD）/ "height" （PeakHeight を log10 で。横線 = log10 の平均、ひげ = SD、0 は軸の下端）。検定はしない。
share_basis: 割合の分母にする項目（省略時は items）。例: PG のページでも分母は ["PG", "DGDG", "MGDG", "CL"]。分母にも同じ除外を適用する。当たらない部品があると分母が変わるので 描かずにエラー。items に当たらない部品は caveats に書く。value="height" では share_basis は無視される。
除外は arf_plot_group_intensity と同じ（内部標準・standard_samples だけにある分子種・ apply_curation の判断・exclude_auto_likely_wrong・arf_exclude したスポット）。require_msms=True で MS/MS の裏付けがない分子種も除く。除いたものは payload の excluded。
low_reliability_samples: 白抜きで描き、平均と SD から外す。菱形は gap-filled の値。
output: "image"（既定）/ "payload"（lipidmix.species_intensity.v1）。PNG ファイルは save_figure(kind="species")。
入力の誤りは {"status": "error", "message": ...}。失敗した呼び出しの後は前回の図を破棄する。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| items | Yes | ||
| ncols | No | ||
| title | No | ||
| value | No | share | |
| groups | Yes | ||
| output | No | ||
| share_basis | No | ||
| require_msms | No | ||
| apply_curation | No | ||
| standard_samples | No | ||
| low_reliability_samples | No | ||
| exclude_auto_likely_wrong | No |