console_method_template
Creates a method file for the opposite polarity by replacing ion mode and searched adduct ions while keeping detection and alignment settings. Use when one polarity has never been processed in the GUI.
Instructions
既存のパラメータから、別極性用のメソッドファイルを作ります(最後の手段)。
まず console_plan の method_file 省略を試してください。 MS-DIAL GUI は解析の
たびに <project>_param_<終了時刻>.txt を自動保存するので、その極性で一度でも
GUI 実行があれば、作る必要はありません。
このツールが要るのは「その極性で一度も処理していない」場合だけです
(別極性は処理済み、というのが典型)。やることは 2 行の差し替えです:
Ion mode と Searched adduct ions をその極性の標準セットにする。
検出・アライメント条件は元のまま引き継ぎます(勝手に変えると別の解析になる)。
加えて、GUI 由来では必ず空の Lbm file path を解決して埋めます。
out_path: 書き出し先。
polarity: "positive" / "negative"(作りたい側)。
based_on: 元にするパラメータファイル。省略時は dataset_root から探します
(極性は問いません — 別極性から作るのがこのツールの用途なので)。
dataset_root: based_on 省略時の探索先。dataset_root 直下・兄弟フォルダ・
過去 run まで探します。候補が複数あれば based_on で選ぶよう
METHOD_FILE_CHOICE_REQUIRED で止まります(土台の選択は解析条件そのもの
なので、最新を黙って採りません)。
library_mode: "auto"(既定)か "msp_only"。"msp_only" は console_plan と同じく
Lbm file path を空にし、Msp file path に作りたい極性の研究室 MSP を書き、
Text DB と注釈器設定表の宣言を空にする(解決順・止まる条件も console_plan と同じ)。
msp_file: library_mode="msp_only" で使う MSP の明示パス。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| omics | No | lipidomics | |
| based_on | No | ||
| msp_file | No | ||
| out_path | Yes | ||
| polarity | Yes | ||
| dataset_root | No | ||
| library_mode | No | auto |