console_prepare_input
Creates a single-format input folder from raw MS data by keeping only the chosen acquisition files and their companion files, resolving mixed-format errors while leaving the source folder unchanged.
Instructions
計測フォーマットが 1 種類だけの入力フォルダを作ります(MIXED_RAW_FORMATS の解消)。
MS-DIAL は .wiff と .wiff2 を別フォーマットとして数えるため、SCIEX の
生データフォルダはそのままでは対話プロンプトが出て実行できません。
このツールは指定した拡張子の計測ファイルとその随伴ファイル
(.wiff.scan / .timeseries.data 等)だけを集めたフォルダを作ります。
Agilent・Bruker の .d と Waters の .raw のようにフォルダそのものが
1 検体の形式も扱えます。その場合はフォルダ構造を実体として作り直し、
中のファイルだけをリンクします(フォルダ自体はリンクにしません)。
実体はコピーせずハードリンクを張ります(同一ボリュームで無い場合のみコピー)。 元フォルダは一切変更しません。 MS-DIAL の生成物はこの新しいフォルダ側に 出るので、生データ本体を汚さずに済みます。
dataset_root: 生データフォルダ。
keep_extension: 残す計測拡張子(既定 "wiff")。MS-DIAL が読む 12 形式
(abf / ibf / cdf / mzml / wiff / raw / d / wiff2 / qgd / lcd / lrp /
imzml)から選びます。MIXED_RAW_FORMATS の formats が実際の内訳です。
out_dir: 出力先。省略時は <元フォルダ>_<拡張子> を兄弟として作ります。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| out_dir | No | ||
| dataset_root | Yes | ||
| keep_extension | No | wiff |