curation_suggest
Generates ranked annotation candidates for spots flagged as wrong or left unannotated, returning a review TSV and HTML viewer for selecting and submitting curation decisions.
Instructions
キュレーションで「間違い」になったスポットと未注釈スポットに、注釈の候補を並べる (候補付けレビュー)。先に library_load と curation_review。
対象: wrong="flagged_or_likely"(既定)= wrong フラグ + 元レビューの likely_wrong、
"flagged" = wrong フラグだけ。unannotated=True で未注釈スポットも。判断済み
(assign / redundant)のスポットは include_decided=True のときだけ含める。
元レビューは review_id(省略時はこのアラインメントの最新のレビュー)。
候補: ① MS-DIAL の下位候補、② 閾値を緩めた再検索(スコアの足切りなし)、
④ 注釈付きの別スポットの同位体・アダクト・インソース断片としての説明。
スペクトル類似度で並べ、極性矛盾・|Δm/z| ≥ 10 mDa は削り、非典型アダクト・RT–m/z 傾向の外れ・
一致ピーク 0 は順位を下げる。MS-DIAL の脂質規則は評価していない(鎖組成は保証しない)ので、
既定では和組成で記録する。
戻り値は 1 スポット 1 行の TSV(強い説明のあるものが先、先頭 max_rows 行)・件数・html_path。
ユーザーには html_path をブラウザで開いてもらい、選んだ内容をビューアの 送信 で送ってもらう
(記録と _tags.xml の反映はビューアが直接行う。submit.via == "viewer")。送信用テキストを
貼るよう頼まない。Copy のテキストが貼られたとき(受け口の時間切れ・submit.via == "copy")は
curation_submit(submission_text=...) に渡す。
ユーザーの同意なしに curation_submit を呼ばない。
Input Schema
| Name | Required | Description | Default |
|---|---|---|---|
| top_n | No | ||
| wrong | No | flagged_or_likely | |
| max_rows | No | ||
| file_path | No | ||
| review_id | No | ||
| rt_window | No | ||
| thresholds | No | ||
| unannotated | No | ||
| relation_min_r | No | ||
| include_decided | No | ||
| relation_mz_tol | No |