pubchem-mcp-server

公共托管服务器： https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

工具

用于查询 PubChem 化学信息数据库的八个工具：

pubchem_search_compounds

通过五种搜索模式在 PubChem 中搜索化学化合物。

• 标识符查找 — 将化合物名称、SMILES 或 InChIKey 解析为 CID（最多可批量处理 25 个）

• 分子式搜索 — 通过 Hill 记法中的分子式查找化合物

• 子结构/超结构 — 查找包含查询结构或被查询结构包含的化合物

• 2D 相似度 — 通过 Tanimoto 相似度（阈值可配置）查找结构相似的化合物

• 可选：使用属性填充结果，以避免后续的详细信息调用

pubchem_get_compound_details

通过 CID 获取详细的化合物信息。

• 单次请求最多可批量处理 100 个 CID

• 27 种可用属性：分子量、SMILES、InChIKey、XLogP、TPSA、复杂性、立体计数等

• 可选：包含来自 PUG View 的文本描述（药理学、机制、治疗用途）

• 可选：包含所有已知的同义词（商品名、系统名称、注册号）

• 可选：根据获取的属性计算药物相似性评估（Lipinski 五规则 + Veber 规则）

• 可选：获取药理学分类（FDA 分类、作用机制、MeSH 分类、ATC 代码）

pubchem_get_bioactivity

从 PubChem BioAssay 获取化合物的生物活性概况。

• 返回分析结果（活性/非活性/不确定）、靶点信息（蛋白质登录号、NCBI 基因 ID）和定量值（IC50、EC50、Ki）

• 按结果过滤以专注于活性结果

• 每次请求上限为 100 个结果（研究充分的化合物可能有数千个）

pubchem_get_summary

获取四种 PubChem 实体类型的描述性摘要。

• 分析 (AID)、基因 (Gene ID)、蛋白质 (UniProt 登录号)、分类学 (Tax ID)

• 每次调用最多 10 个实体

• 针对特定类型的字段提取，以获得清晰、结构化的输出

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

特性

基于 @cyanheads/mcp-ts-core 构建：

• 声明式工具定义 — 每个工具一个文件，框架处理注册和验证

• 所有工具统一的错误处理

• 可插拔的身份验证 (none, jwt, oauth)

• 可替换的存储后端：in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• 结构化日志记录，支持可选的 OpenTelemetry 追踪

• 本地运行 (stdio/HTTP) 或通过 Docker 容器化运行

PubChem 特定功能：

• 针对 PUG REST 和 PUG View API 的限速客户端（5 req/s，带自动排队）

• 在 5xx 错误和网络故障时进行指数退避重试

• 所有工具均为只读且幂等 — 无需 API 密钥

入门指南

公共托管实例

公共实例位于 https://pubchem.caseyjhand.com/mcp — 无需安装。通过可流式传输的 HTTP 将任何 MCP 客户端指向它：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

自托管 / 本地运行

添加到您的 MCP 客户端配置中（例如 claude_desktop_config.json）：

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

先决条件

• Bun v1.2.0 或更高版本（或 Node.js v22+）

安装

1. 克隆仓库：

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. 进入目录：

cd pubchem-mcp-server

1. 安装依赖：

bun install

配置

无需 API 密钥 — PubChem 的 API 可免费访问。

运行服务器

本地开发

• 构建并运行：

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• 运行检查和测试：

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

项目结构

开发指南

请参阅 CLAUDE.md 获取开发准则和架构规则。简而言之：

• 处理程序抛出异常，框架捕获 — 工具逻辑中不使用 try/catch

• 使用 ctx.log 进行特定领域的日志记录

• 在 index.ts 桶文件中注册新工具

贡献

欢迎提交问题和拉取请求。提交前请运行检查：

bun run devcheck
bun run test

许可证

Apache-2.0 — 详情请参阅 LICENSE。