pubchem-mcp-server

공개 호스팅 서버: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

도구

PubChem의 화학 정보 데이터베이스를 쿼리하기 위한 8가지 도구:

pubchem_search_compounds

5가지 검색 모드를 통해 PubChem에서 화학 화합물을 검색합니다.

• 식별자 조회 — 화합물 이름, SMILES 또는 InChIKey를 CID로 확인 (최대 25개 일괄 처리)

• 화학식 검색 — Hill 표기법으로 분자식에 따른 화합물 찾기

• 부분 구조/상위 구조 — 쿼리 구조를 포함하거나 쿼리 구조에 포함된 화합물 찾기

• 2D 유사성 — Tanimoto 유사성(임계값 설정 가능)을 통해 구조적으로 유사한 화합물 찾기

• 선택적으로 후속 세부 정보 호출을 피하기 위해 속성으로 결과를 하이드레이션(hydrate) 가능

pubchem_get_compound_details

CID를 통해 상세 화합물 정보를 가져옵니다.

• 단일 요청으로 최대 100개의 CID 일괄 처리

• 27가지 사용 가능한 속성: 분자량, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, 복잡도, 입체 수 등

• PUG View에서 텍스트 설명(약리학, 메커니즘, 치료 용도)을 선택적으로 포함

• 알려진 모든 동의어(상품명, 체계적 이름, 등록 번호)를 선택적으로 포함

• 가져온 속성에서 약물 유사성 평가(Lipinski의 5법칙 + Veber 규칙)를 선택적으로 계산

• 약리학적 분류(FDA 분류, 작용 메커니즘, MeSH 분류, ATC 코드)를 선택적으로 가져오기

pubchem_get_bioactivity

PubChem BioAssay에서 화합물의 생물학적 활성 프로필을 가져옵니다.

• 분석 결과(활성/비활성/결정 불가), 표적 정보(단백질 접근 번호, NCBI 유전자 ID) 및 정량적 값(IC50, EC50, Ki) 반환

• 활성 결과에 집중하기 위해 결과별 필터링 가능

• 요청당 최대 100개 결과로 제한 (잘 연구된 화합물은 수천 개가 있을 수 있음)

pubchem_get_summary

4가지 PubChem 엔티티 유형에 대한 설명 요약을 가져옵니다.

• 분석(AID), 유전자(유전자 ID), 단백질(UniProt 접근 번호), 분류(Tax ID)

• 호출당 최대 10개 엔티티

• 깔끔하고 구조화된 출력을 위한 유형별 필드 추출

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

기능

@cyanheads/mcp-ts-core 기반으로 구축됨:

• 선언적 도구 정의 — 도구당 단일 파일, 프레임워크가 등록 및 유효성 검사 처리

• 모든 도구에 걸친 통합 오류 처리

• 플러그인 가능한 인증 (none, jwt, oauth)

• 교체 가능한 저장소 백엔드: in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• 선택적 OpenTelemetry 추적을 포함한 구조화된 로깅

• 로컬(stdio/HTTP) 또는 Docker를 통한 컨테이너화 실행

PubChem 전용:

• PUG REST 및 PUG View API를 위한 속도 제한 클라이언트 (자동 대기열 포함 초당 5회 요청)

• 5xx 오류 및 네트워크 실패 시 지수 백오프를 통한 재시도

• 모든 도구는 읽기 전용이며 멱등성을 가짐 — API 키 불필요

시작하기

공개 호스팅 인스턴스

공개 인스턴스는 https://pubchem.caseyjhand.com/mcp에서 사용할 수 있습니다. 설치가 필요 없습니다. 스트리밍 가능한 HTTP를 통해 모든 MCP 클라이언트를 해당 주소로 지정하세요:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

자체 호스팅 / 로컬

MCP 클라이언트 구성(예: claude_desktop_config.json)에 추가하세요:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

사전 요구 사항

• Bun v1.2.0 이상 (또는 Node.js v22+)

설치

1. 저장소 복제:

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. 디렉토리로 이동:

cd pubchem-mcp-server

1. 의존성 설치:

bun install

구성

API 키가 필요하지 않습니다. PubChem의 API는 자유롭게 액세스할 수 있습니다.

서버 실행

로컬 개발

• 빌드 및 실행:

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• 검사 및 테스트 실행:

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

프로젝트 구조

개발 가이드

개발 지침 및 아키텍처 규칙은 CLAUDE.md를 참조하세요. 요약하자면:

• 핸들러는 예외를 던지고 프레임워크가 이를 포착합니다. 도구 로직 내에서 try/catch를 사용하지 마세요.

• 도메인별 로깅에는 ctx.log를 사용하세요.

• index.ts 배럴 파일에 새 도구를 등록하세요.

기여

이슈 및 풀 리퀘스트를 환영합니다. 제출 전 검사를 실행하세요:

bun run devcheck
bun run test

라이선스

Apache-2.0 — 자세한 내용은 LICENSE를 참조하세요.