pubchem-mcp-server

Публичный хостинг сервера: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Инструменты

Восемь инструментов для запросов к базе данных химической информации PubChem:

pubchem_search_compounds

Поиск химических соединений в PubChem с использованием пяти режимов поиска.

• Поиск по идентификатору — преобразование названий соединений, SMILES или InChIKey в CID (пакетная обработка до 25 элементов)

• Поиск по формуле — поиск соединений по молекулярной формуле в нотации Хилла

• Подструктура/суперструктура — поиск соединений, содержащих или содержащихся в структуре запроса

• 2D-подобие — поиск структурно похожих соединений по подобию Танимото (настраиваемый порог)

• Опциональное обогащение результатов свойствами для исключения последующего запроса деталей

pubchem_get_compound_details

Получение подробной информации о соединении по CID.

• Пакетная обработка до 100 CID в одном запросе

• 27 доступных свойств: молекулярная масса, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, сложность, количество стереоизомеров и многое другое

• Опциональное включение текстовых описаний (фармакология, механизм, терапевтическое применение) из PUG View

• Опциональное включение всех известных синонимов (торговые названия, систематические названия, регистрационные номера)

• Опциональное вычисление оценки лекарственности (правило пяти Липински + правила Вебера) на основе полученных свойств

• Опциональное получение фармакологической классификации (классы FDA, механизмы действия, классы MeSH, коды ATC)

pubchem_get_bioactivity

Получение профиля биоактивности соединения из PubChem BioAssay.

• Возвращает результаты анализов (Активен/Неактивен/Неопределенно), информацию о мишенях (белковые доступы, NCBI Gene ID) и количественные значения (IC50, EC50, Ki)

• Фильтрация по результату для фокусировки на активных данных

• Ограничение в 100 результатов на запрос (хорошо изученные соединения могут иметь тысячи)

pubchem_get_summary

Получение описательных сводок для четырех типов сущностей PubChem.

• Анализы (AID), гены (Gene ID), белки (UniProt accession), таксономия (Tax ID)

• До 10 сущностей за вызов

• Извлечение полей, специфичных для типа, для получения чистого структурированного вывода

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

Возможности

Построено на @cyanheads/mcp-ts-core:

• Декларативные определения инструментов — один файл на инструмент, фреймворк берет на себя регистрацию и валидацию

• Унифицированная обработка ошибок для всех инструментов

• Подключаемая аутентификация (none, jwt, oauth)

• Сменные бэкенды хранения: in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• Структурированное логирование с опциональной трассировкой OpenTelemetry

• Работает локально (stdio/HTTP) или в контейнере через Docker

Специфично для PubChem:

• Клиент с ограничением частоты запросов для PUG REST и PUG View API (5 запросов/сек с автоматической очередью)

• Повторные попытки с экспоненциальной задержкой при ошибках 5xx и сбоях сети

• Все инструменты работают только на чтение и идемпотентны — ключи API не требуются

Начало работы

Публичный хостинг

Публичный экземпляр доступен по адресу https://pubchem.caseyjhand.com/mcp — установка не требуется. Укажите его в любом MCP-клиенте через потоковый HTTP:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Самостоятельный хостинг / Локально

Добавьте в конфигурацию вашего MCP-клиента (например, claude_desktop_config.json):

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

Предварительные требования

• Bun v1.2.0 или выше (или Node.js v22+)

Установка

1. Клонируйте репозиторий:

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. Перейдите в директорию:

cd pubchem-mcp-server

1. Установите зависимости:

bun install

Конфигурация

Ключи API не требуются — API PubChem находится в свободном доступе.

Запуск сервера

Локальная разработка

• Сборка и запуск:

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• Запуск проверок и тестов:

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

Структура проекта

Руководство по разработке

См. CLAUDE.md для получения рекомендаций по разработке и архитектурных правил. Кратко:

• Обработчики выбрасывают исключения, фреймворк их перехватывает — никакой логики try/catch внутри инструментов

• Используйте ctx.log для логирования, специфичного для предметной области

• Регистрируйте новые инструменты в файле index.ts

Вклад в проект

Проблемы и pull-запросы приветствуются. Перед отправкой выполните проверки:

bun run devcheck
bun run test

Лицензия

Apache-2.0 — подробности см. в LICENSE.