pubchem-mcp-server

Öffentlich gehosteter Server: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Tools

Acht Tools zur Abfrage der chemischen Informationsdatenbank von PubChem:

pubchem_search_compounds

Durchsuchen Sie PubChem nach chemischen Verbindungen über fünf Suchmodi.

• Identifikator-Suche — Auflösung von Verbindungsnamen, SMILES oder InChIKeys in CIDs (Batch bis zu 25)

• Formelsuche — Finden von Verbindungen anhand der Summenformel in Hill-Notation

• Substruktur/Superstruktur — Finden von Verbindungen, die eine Suchstruktur enthalten oder in ihr enthalten sind

• 2D-Ähnlichkeit — Finden strukturell ähnlicher Verbindungen mittels Tanimoto-Ähnlichkeit (konfigurierbarer Schwellenwert)

• Optionale Anreicherung der Ergebnisse mit Eigenschaften, um einen zusätzlichen Detailabruf zu vermeiden

pubchem_get_compound_details

Abrufen detaillierter Verbindungsinformationen per CID.

• Batch-Verarbeitung von bis zu 100 CIDs in einer einzigen Anfrage

• 27 verfügbare Eigenschaften: Molekulargewicht, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, Komplexität, Stereozahlen und mehr

• Optional inklusive Textbeschreibungen (Pharmakologie, Mechanismus, therapeutische Verwendung) aus PUG View

• Optional inklusive aller bekannten Synonyme (Handelsnamen, systematische Namen, Registriernummern)

• Optionale Berechnung der Arzneimittelähnlichkeit (Lipinski-Regel der Fünf + Veber-Regeln) aus den abgerufenen Eigenschaften

• Optionales Abrufen der pharmakologischen Klassifizierung (FDA-Klassen, Wirkmechanismen, MeSH-Klassen, ATC-Codes)

pubchem_get_bioactivity

Abrufen des Bioaktivitätsprofils einer Verbindung aus PubChem BioAssay.

• Gibt Assay-Ergebnisse (Aktiv/Inaktiv/Nicht schlüssig), Zielinformationen (Protein-Zugangsnummern, NCBI-Gen-IDs) und quantitative Werte (IC50, EC50, Ki) zurück

• Filterung nach Ergebnis, um sich auf aktive Ergebnisse zu konzentrieren

• Begrenzt auf 100 Ergebnisse pro Anfrage (gut untersuchte Verbindungen können Tausende haben)

pubchem_get_summary

Abrufen beschreibender Zusammenfassungen für vier PubChem-Entitätstypen.

• Assays (AID), Gene (Gen-ID), Proteine (UniProt-Zugangsnummer), Taxonomie (Tax-ID)

• Bis zu 10 Entitäten pro Aufruf

• Typspezifische Extraktion von Feldern für eine saubere, strukturierte Ausgabe

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

Funktionen

Aufgebaut auf @cyanheads/mcp-ts-core:

• Deklarative Tool-Definitionen — eine Datei pro Tool, das Framework übernimmt Registrierung und Validierung

• Einheitliche Fehlerbehandlung über alle Tools hinweg

• Steckbare Authentifizierung (none, jwt, oauth)

• Austauschbare Speicher-Backends: in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• Strukturiertes Logging mit optionalem OpenTelemetry-Tracing

• Läuft lokal (stdio/HTTP) oder containerisiert via Docker

PubChem-spezifisch:

• Ratenbegrenzter Client für PUG REST und PUG View APIs (5 Anfragen/s mit automatischer Warteschlange)

• Wiederholungsversuche mit exponentiellem Backoff bei 5xx-Fehlern und Netzwerkfehlern

• Alle Tools sind schreibgeschützt und idempotent — keine API-Schlüssel erforderlich

Erste Schritte

Öffentlich gehostete Instanz

Eine öffentliche Instanz ist unter https://pubchem.caseyjhand.com/mcp verfügbar — keine Installation erforderlich. Verweisen Sie jeden MCP-Client über Streamable HTTP darauf:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Selbst gehostet / Lokal

Fügen Sie dies Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu (z. B. claude_desktop_config.json):

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

Voraussetzungen

• Bun v1.2.0 oder höher (oder Node.js v22+)

Installation

1. Repository klonen:

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. In das Verzeichnis navigieren:

cd pubchem-mcp-server

1. Abhängigkeiten installieren:

bun install

Konfiguration

Es sind keine API-Schlüssel erforderlich — die API von PubChem ist frei zugänglich.

Ausführen des Servers

Lokale Entwicklung

• Bauen und ausführen:

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• Prüfungen und Tests ausführen:

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

Projektstruktur

Entwicklungsleitfaden

Siehe CLAUDE.md für Entwicklungsrichtlinien und architektonische Regeln. Die Kurzfassung:

• Handler werfen Fehler, das Framework fängt sie ab — kein try/catch in der Tool-Logik

• Verwenden Sie ctx.log für domänenspezifisches Logging

• Registrieren Sie neue Tools in der index.ts Barrel-Datei

Mitwirken

Probleme und Pull Requests sind willkommen. Führen Sie vor dem Einreichen die Prüfungen aus:

bun run devcheck
bun run test

Lizenz

Apache-2.0 — siehe LICENSE für Details.