pubchem-mcp-server

Servidor público alojado: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

Herramientas

Ocho herramientas para consultar la base de datos de información química de PubChem:

pubchem_search_compounds

Busca compuestos químicos en PubChem a través de cinco modos de búsqueda.

• Búsqueda por identificador — resuelve nombres de compuestos, SMILES o InChIKeys a CIDs (lotes de hasta 25)

• Búsqueda por fórmula — encuentra compuestos por fórmula molecular en notación de Hill

• Subestructura/superestructura — encuentra compuestos que contienen o están contenidos dentro de una estructura de consulta

• Similitud 2D — encuentra compuestos estructuralmente similares mediante la similitud de Tanimoto (umbral configurable)

• Opcionalmente, hidrata los resultados con propiedades para evitar una llamada de detalles posterior

pubchem_get_compound_details

Obtén información detallada del compuesto por CID.

• Agrupa hasta 100 CIDs en una sola solicitud

• 27 propiedades disponibles: peso molecular, SMILES, InChIKey, XLogP, TPSA, complejidad, conteos estéreo y más

• Opcionalmente incluye descripciones textuales (farmacología, mecanismo, uso terapéutico) de PUG View

• Opcionalmente incluye todos los sinónimos conocidos (nombres comerciales, nombres sistemáticos, números de registro)

• Opcionalmente calcula la evaluación de similitud con fármacos (Regla de los cinco de Lipinski + reglas de Veber) a partir de las propiedades obtenidas

• Opcionalmente obtiene la clasificación farmacológica (clases de la FDA, mecanismos de acción, clases MeSH, códigos ATC)

pubchem_get_bioactivity

Obtén el perfil de bioactividad de un compuesto desde PubChem BioAssay.

• Devuelve resultados de ensayos (Activo/Inactivo/Inconcluso), información de objetivos (accesos a proteínas, IDs de genes NCBI) y valores cuantitativos (IC50, EC50, Ki)

• Filtra por resultado para centrarse en resultados activos

• Límite de 100 resultados por solicitud (los compuestos bien estudiados pueden tener miles)

pubchem_get_summary

Obtén resúmenes descriptivos para cuatro tipos de entidades de PubChem.

• Ensayos (AID), genes (ID de gen), proteínas (acceso UniProt), taxonomía (ID de taxonomía)

• Hasta 10 entidades por llamada

• Extracción de campos específica por tipo para una salida limpia y estructurada

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

Características

Construido sobre @cyanheads/mcp-ts-core:

• Definiciones de herramientas declarativas — un solo archivo por herramienta, el framework maneja el registro y la validación

• Manejo de errores unificado en todas las herramientas

• Autenticación conectable (none, jwt, oauth)

• Backends de almacenamiento intercambiables: in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• Registro estructurado con rastreo opcional de OpenTelemetry

• Se ejecuta localmente (stdio/HTTP) o contenedorizado mediante Docker

Específico de PubChem:

• Cliente con límite de tasa para APIs PUG REST y PUG View (5 req/s con cola automática)

• Reintento con retroceso exponencial en errores 5xx y fallos de red

• Todas las herramientas son de solo lectura e idempotentes — no se requieren claves de API

Primeros pasos

Instancia pública alojada

Una instancia pública está disponible en https://pubchem.caseyjhand.com/mcp — no requiere instalación. Apunta cualquier cliente MCP a ella mediante HTTP transmitible:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

Autoalojado / Local

Añádelo a la configuración de tu cliente MCP (ej. claude_desktop_config.json):

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

Requisitos previos

• Bun v1.2.0 o superior (o Node.js v22+)

Instalación

1. Clona el repositorio:

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. Navega al directorio:

cd pubchem-mcp-server

1. Instala las dependencias:

bun install

Configuración

No se requieren claves de API — la API de PubChem es de libre acceso.

Ejecución del servidor

Desarrollo local

• Compilar y ejecutar:

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• Ejecutar comprobaciones y pruebas:

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

Estructura del proyecto

Guía de desarrollo

Consulta CLAUDE.md para conocer las directrices de desarrollo y las reglas arquitectónicas. La versión corta:

• Los manejadores lanzan errores, el framework los captura — no usar try/catch en la lógica de la herramienta

• Usa ctx.log para el registro específico del dominio

• Registra nuevas herramientas en el archivo barril index.ts

Contribución

Las incidencias y solicitudes de extracción (pull requests) son bienvenidas. Ejecuta las comprobaciones antes de enviar:

bun run devcheck
bun run test

Licencia

Apache-2.0 — consulta LICENSE para más detalles.