pubchem-mcp-server

公開ホストサーバー: https://pubchem.caseyjhand.com/mcp

ツール

PubChemの化学情報データベースをクエリするための8つのツール:

pubchem_search_compounds

5つの検索モードでPubChemの化学化合物を検索します。

• 識別子検索 — 化合物名、SMILES、またはInChIKeyをCIDに解決します（最大25件のバッチ処理）

• 式検索 — ヒル表記の分子式で化合物を検索します

• 部分構造/超構造 — クエリ構造を含む、またはクエリ構造に含まれる化合物を検索します

• 2D類似性 — Tanimoto類似度（しきい値設定可能）によって構造的に類似した化合物を検索します

• オプションで、後続の詳細取得呼び出しを避けるためにプロパティを結果に含める（ハイドレート）ことができます

pubchem_get_compound_details

CIDによって詳細な化合物情報を取得します。

• 1回の要求で最大100個のCIDをバッチ処理

• 27種類の利用可能なプロパティ：分子量、SMILES、InChIKey、XLogP、TPSA、複雑度、立体配置数など

• オプションでPUG Viewからのテキスト説明（薬理学、メカニズム、治療用途）を含めることができます

• オプションですべての既知の同義語（商品名、体系名、登録番号）を含めることができます

• オプションで、取得したプロパティから薬物らしさの評価（Lipinskiの法則 + Veberの法則）を計算できます

• オプションで薬理学的分類（FDAクラス、作用機序、MeSHクラス、ATCコード）を取得できます

pubchem_get_bioactivity

PubChem BioAssayから化合物の生物活性プロファイルを取得します。

• アッセイ結果（活性/不活性/不確定）、ターゲット情報（タンパク質アクセッション、NCBI Gene ID）、および定量的値（IC50、EC50、Ki）を返します

• 結果でフィルタリングして、活性のある結果に焦点を当てることができます

• 1リクエストあたり最大100件の結果（よく研究されている化合物は数千件ある場合があります）

pubchem_get_summary

4つのPubChemエンティティタイプの記述的要約を取得します。

• アッセイ（AID）、遺伝子（Gene ID）、タンパク質（UniProtアクセッション）、分類（Tax ID）

• 1回の呼び出しで最大10エンティティ

• クリーンで構造化された出力のためのタイプ固有のフィールド抽出

Related MCP server: PubChem Chemical Safety MCP Server

機能

@cyanheads/mcp-ts-core 上に構築されています:

• 宣言的なツール定義 — ツールごとに単一ファイル、フレームワークが登録と検証を処理

• すべてのツールにわたる統一されたエラー処理

• プラグ可能な認証 (none, jwt, oauth)

• 交換可能なストレージバックエンド: in-memory, filesystem, Supabase, Cloudflare KV/R2/D1

• OpenTelemetryトレースをオプションで備えた構造化ログ

• ローカル（stdio/HTTP）またはDocker経由のコンテナ化で実行可能

PubChem固有:

• PUG RESTおよびPUG View API用のレート制限付きクライアント（自動キューイング付きで5リクエスト/秒）

• 5xxエラーおよびネットワーク障害時の指数バックオフによる再試行

• すべてのツールは読み取り専用かつ冪等 — APIキーは不要

はじめに

公開ホストインスタンス

公開インスタンスが https://pubchem.caseyjhand.com/mcp で利用可能です — インストールは不要です。ストリーミング可能なHTTP経由で任意のMCPクライアントを向けてください:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "streamable-http",
      "url": "https://pubchem.caseyjhand.com/mcp"
    }
  }
}

セルフホスト / ローカル

MCPクライアントの設定（例: claude_desktop_config.json）に追加してください:

{
  "mcpServers": {
    "pubchem": {
      "type": "stdio",
      "command": "bunx",
      "args": ["@cyanheads/pubchem-mcp-server@latest"],
      "env": {
        "MCP_TRANSPORT_TYPE": "stdio"
      }
    }
  }
}

前提条件

• Bun v1.2.0 以上（またはNode.js v22+）

インストール

1. リポジトリをクローン:

git clone https://github.com/cyanheads/pubchem-mcp-server.git

1. ディレクトリに移動:

cd pubchem-mcp-server

1. 依存関係をインストール:

bun install

設定

APIキーは不要です — PubChemのAPIは自由にアクセス可能です。

サーバーの実行

ローカル開発

• ビルドと実行:

  bun run rebuild
  bun run start:stdio   # or start:http

• チェックとテストの実行:

  bun run devcheck     # Lints, formats, type-checks
  bun run test         # Runs test suite

Docker

docker build -t pubchem-mcp-server .
docker run -p 3010:3010 pubchem-mcp-server

プロジェクト構造

開発ガイド

開発ガイドラインとアーキテクチャルールについては CLAUDE.md を参照してください。要約:

• ハンドラーは例外をスローし、フレームワークがキャッチする — ツールロジック内に try/catch は不要

• ドメイン固有のログには ctx.log を使用

• 新しいツールは index.ts バレルファイルに登録

貢献

Issueやプルリクエストを歓迎します。提出前にチェックを実行してください:

bun run devcheck
bun run test

ライセンス

Apache-2.0 — 詳細については LICENSE を参照してください。