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Presisitence

plant-public-mcp

by Presisitence
OverviewSchemaSourceRelated ServersDiscussionsAdmin
Python
Remote

plant-public-mcp

Pflanzenbioinformatik-MCP für öffentliche Schnittstellen: UniProt / NCBI / InterProScan / PDB / AlphaFold, sowie Ensembl Plants, Sol Genomics (öffentlicher Einstieg für Nachtschattengewächse), Arabidopsis BAR / ATTED / STRING.

Dieses Paket enthält keine lokalen Genome, keine lokalen RNA-seq-Daten und keine artspezifischen Datenbanken. Die Daten stammen ausschließlich aus öffentlichen APIs. Werkzeuge ohne öffentliche API geben nur Einreichungsschritte und Parameterempfehlungen zurück, ohne Ergebnisse zu erfinden.

Abgedeckte Ressourcen

Modul

Datenquelle

Zugriff

uniprot

UniProt

REST

ncbi

NCBI E-utilities

REST (optional NCBI_API_KEY)

interpro

EBI InterProScan

REST asynchroner Auftrag

structure

RCSB PDB + AlphaFold DB

REST

plant

Ensembl Plants

REST

plant

Sol Genomics, SignalP, TMHMM, PlantCARE, PlantTFDB, TAIR, scPlantDB

Web-Einreichungsleitfaden

bar / atted / stringdb

Arabidopsis BAR eFP, ATTED-II, STRING

REST

Nachtschattengewächse: Verwenden Sie ensembl_plants_gene(species="solanum_lycopersicum", ...) oder plant_resource_guide("solgenomics"). Dieses Paket enthält keine spezielle Chili-Datenbank.

Related MCP server: BioContextAI Knowledgebase MCP

Ausführung

cd plant-public-mcp
uv sync
uv run server.py

Cursor / Claude / MiniMax Registrierung:

{
  "mcpServers": {
    "plant-public": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/plant-public-mcp", "server.py"]
    }
  }
}

CLI: uv run plant-cli uniprot summary P0DP23

Lizenz

MIT. Die Upstream-Datenbanken haben jeweils ihre eigenen Nutzungsbedingungen; bitte beachten Sie Zugriffsratenbegrenzung und Anforderungen an die Quellenangabe.

This server cannot be deployed

One endpoint for every MCP toolRayrun runs every MCP server behind one URL and holds the credentials. Each call is decided per client, tool, and argument, then recorded.ray.runAd

Maintenance

ActivitySlowing
ResponsivenessNo issues

Resources

Related MCP Connectors

Related MCP Servers

  • UniProt MCP Server

    vitamin3615
    A
    license
    Not graded
    quality
    D
    maintenance
    An MCP server that enables language models to fetch protein information from the UniProt database, including protein details, sequences, functions, and structures.
    MIT

  • TogoMCP

    dbcls
    A
    license
    A
    quality
    A
    maintenance
    An MCP server that gives AI assistants access to biological and biomedical RDF databases via SPARQL at the RDF Portal, as well as selected REST APIs (NCBI E-utilities, UniProt, ChEMBL, PDB, Reactome, Rhea, MeSH, and more).
    29
    19
    MIT

  • mcp-mygene-info

    pipeworx-io
    A
    license
    Not graded
    quality
    B
    maintenance
    MCP server for querying gene annotations, full-text gene search, and species taxonomy via MyGene.info. Enables AI agents to access gene data through natural language questions.
    44 npm
    MIT