# plant-public-mcp

植物生物信息学 **公共接口** MCP：UniProt / NCBI / InterProScan / PDB / AlphaFold，
以及 Ensembl Plants、Sol Genomics（茄科公共入口）、拟南芥 BAR / ATTED / STRING。

本包**不包含**任何本地基因组、本地 RNA-seq 或物种专库数据。数据全部走公开 API；
无开放 API 的工具只返回提交步骤与参数建议，不编造结果。

## 覆盖资源

| 模块 | 数据源 | 访问 |
|------|--------|------|
| `uniprot` | UniProt | REST |
| `ncbi` | NCBI E-utilities | REST（可选 `NCBI_API_KEY`） |
| `interpro` | EBI InterProScan | REST 异步作业 |
| `structure` | RCSB PDB + AlphaFold DB | REST |
| `plant` | Ensembl Plants | REST |
| `plant` | Sol Genomics、SignalP、TMHMM、PlantCARE、PlantTFDB、TAIR、scPlantDB | 网页调度指引 |
| `bar` / `atted` / `stringdb` | 拟南芥 BAR eFP、ATTED-II、STRING | REST |

茄科：用 `ensembl_plants_gene(species="solanum_lycopersicum", ...)` 或
`plant_resource_guide("solgenomics")。

## 运行

```powershell
cd plant-public-mcp
uv sync
uv run server.py
```

Cursor / Claude / MiniMax 注册：

```json
{
  "mcpServers": {
    "plant-public": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/plant-public-mcp", "server.py"]
    }
  }
}
```

CLI：`uv run plant-cli uniprot summary P0DP23`

## 许可

MIT。上游数据库各有自己的使用条款，调用时请遵守速率限制与署名要求。