このリポジトリには、OpenCRAVATによるバリアントアノテーションを呼び出し可能なツールとして公開するMCP（Model Context Protocol）サーバーが含まれています。これはCloudflare Worker（Wrangler経由）として実行され、公開されているOpenCRAVATサービスへのリクエストをプロキシします。
MCPクライアントが以下を実行できるようにするMCPツールを公開します：
実行されているOpenCRAVATアノテーター（厳選されたデフォルトセット）の検出。
アノテーターの出力スキーマ（フィールド名/型/説明）の調査。
以下の方法によるバリアントのアノテーション：
ゲノム座標（chrom/pos/ref/alt）。GRCh38/hg38座標のみ受け付けます。
dbSNP rsID
ClinGen Allele Registry ID (CAid)
HGVS (g./c./p.)
タンパク質のミスセンス表記（例：BRAF V600E）を候補となるGRCh38ゲノムHGVS変化（SynVar経由）に変換し、それをHGVSアノテーションに渡すことができます。
Related MCP server: OakVar MCP Server
このMCPサーバーは以下のリモートホストで提供されています。
https://mcp.opencravat.org/mcpローカルで実行することも可能です。
Claudeに接続するには、こちらの指示に従ってください。上記のURLを使用し、認証設定は行わないでください。MCPを機能させるためにユーザー固有のデータは必要ありません。チャットでMCPを有効にすることを忘れないでください。
ChatGPTに接続するには、開発者モードを有効にしてからカスタムアプリを追加する必要があります：
設定を開く
「アプリ」に移動
「詳細設定」でトグルを使用して「開発者モード」をオンにする
「アプリを作成」をクリック
上記のURLを「MCPサーバーURL」として使用する
認証を「認証なし」に設定する
「OpenCRAVAT」など、簡単に認識できる名前をMCPアプリに追加する
チャットボックス左下の「+」アイコンを使用して、新しいチャットにMCPを追加する必要があります。
前提条件：
Node.js（最新のTypeScriptツールに対応したもの。Node 18以上を推奨）
npm
依存関係のインストール：
npm install開発サーバー（Wrangler）の起動：
npm startデフォルトでは、MCPエンドポイントは以下のようになります：
http://localhost:8787/mcpClaude DesktopからMCPサーバーに接続するには、Anthropicのクイックスタートに従い、Claude Desktop内の「設定」>「開発者」>「設定を編集」に移動してください。
以下の設定で更新してください：
{
"mcpServers": {
"OpenCRAVAT": {
"command": "npx",
"args": [
"mcp-remote",
"http://localhost:8787/mcp"
]
}
}
}Claudeを再起動すると、ツールが利用可能になるはずです。
This server cannot be deployed
Look up allele frequencies by ancestry, gene constraint, variants, and coverage over gnomAD.
Bioinformatics MCP for genomic variant interpretation, gene-disease evidence and literature.
Query STRING interactions, enrichment, annotations, homology, and PPI networks.
Broad Institute gnomAD genomic variant database (GraphQL)
