OpenCRAVAT MCPサーバー

このリポジトリには、OpenCRAVATによるバリアントアノテーションを呼び出し可能なツールとして公開するMCP（Model Context Protocol）サーバーが含まれています。これはCloudflare Worker（Wrangler経由）として実行され、公開されているOpenCRAVATサービスへのリクエストをプロキシします。

このサーバーが提供するもの

MCPクライアントが以下を実行できるようにするMCPツールを公開します：

• 実行されているOpenCRAVATアノテーター（厳選されたデフォルトセット）の検出。

• アノテーターの出力スキーマ（フィールド名/型/説明）の調査。

• 以下の方法によるバリアントのアノテーション：

  • ゲノム座標（chrom/pos/ref/alt）。GRCh38/hg38座標のみ受け付けます。

  • dbSNP rsID

  • ClinGen Allele Registry ID (CAid)

  • HGVS (g./c./p.)

• タンパク質のミスセンス表記（例：BRAF V600E）を候補となるGRCh38ゲノムHGVS変化（SynVar経由）に変換し、それをHGVSアノテーションに渡すことができます。

接続方法

このMCPサーバーは以下のリモートホストで提供されています。

https://mcp.opencravat.org/sse

ローカルで実行することも可能です。

Claude

Claudeに接続するには、こちらの指示に従ってください。上記のURLを使用し、認証設定は行わないでください。MCPを機能させるためにユーザー固有のデータは必要ありません。チャットでMCPを有効にすることを忘れないでください。

ChatGPT

ChatGPTに接続するには、開発者モードを有効にしてからカスタムアプリを追加する必要があります：

• 設定を開く

• 「アプリ」に移動

• 「詳細設定」でトグルを使用して「開発者モード」をオンにする

• 「アプリを作成」をクリック

• 上記のURLを「MCPサーバーURL」として使用する

• 認証を「認証なし」に設定する

• 「OpenCRAVAT」など、簡単に認識できる名前をMCPアプリに追加する

チャットボックス左下の「+」アイコンを使用して、新しいチャットにMCPを追加する必要があります。

ローカルでの実行

前提条件：

• Node.js（最新のTypeScriptツールに対応したもの。Node 18以上を推奨）

• npm

依存関係のインストール：

npm install

開発サーバー（Wrangler）の起動：

npm start

デフォルトでは、MCPエンドポイントは以下のようになります：

http://localhost:8787/sse

Claude Desktopへの接続

Claude DesktopからMCPサーバーに接続するには、Anthropicのクイックスタートに従い、Claude Desktop内の「設定」>「開発者」>「設定を編集」に移動してください。

以下の設定で更新してください：

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/sse"
      ]
    }
  }
}

Claudeを再起動すると、ツールが利用可能になるはずです。