OpenCRAVAT MCP 服务器

本仓库包含一个 MCP（模型上下文协议）服务器，它将 OpenCRAVAT 驱动的变异注释功能作为可调用工具公开。它作为 Cloudflare Worker（通过 Wrangler）运行，并将请求代理到公共 OpenCRAVAT 服务。

该服务器提供的功能

它公开了 MCP 工具，允许 MCP 客户端执行以下操作：

发现正在运行的 OpenCRAVAT 注释器（一组精选的默认集合）。
检查注释器输出模式（字段名称/类型/描述）。
通过以下方式注释变异：
- 基因组坐标（染色体/位置/参考/替代）。仅接受 GRCh38/hg38 坐标。
- dbSNP rsID
- ClinGen 等位基因注册 ID (CAid)
- HGVS (g./c./p.)
将蛋白质错义符号（例如 BRAF V600E）转换为候选 GRCh38 基因组 HGVS 变化（通过 SynVar），然后您可以将其传递给 HGVS 注释。

连接

此 MCP 服务器远程托管于

https://mcp.opencravat.org/sse

它也可以在本地运行。

Claude

要连接到 Claude，请遵循这些说明。使用上述 URL，且无需设置身份验证。MCP 工作无需用户特定数据。请记住在您的聊天中启用 MCP。

ChatGPT

要连接到 ChatGPT，您必须启用开发者模式，然后添加自定义应用：

打开设置
转到应用
在高级设置中，使用开关打开“开发者模式”
点击创建应用
使用上述 URL 作为“MCP 服务器 URL”
将身份验证设置为“无身份验证”
为 MCP 应用添加一个您容易识别的名称，例如“OpenCRAVAT”

您必须使用聊天框左下角的 + 图标将 MCP 添加到新聊天中。

本地运行

先决条件：

Node.js（足够新以支持现代 TypeScript 工具；建议使用 Node 18+）
npm

安装依赖项：

npm install

启动开发服务器 (Wrangler)：

npm start

默认情况下，您的 MCP 端点将是：

http://localhost:8787/sse

连接 Claude Desktop

要从 Claude Desktop 连接到您的 MCP 服务器，请遵循 Anthropic 的快速入门指南，并在 Claude Desktop 中转到“设置” > “开发者” > “编辑配置”。

使用此配置进行更新：

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/sse"
      ]
    }
  }
}

重启 Claude，您应该会看到工具变为可用状态。