MCP-сервер OpenCRAVAT

Этот репозиторий содержит сервер MCP (Model Context Protocol), который предоставляет аннотирование вариантов на базе OpenCRAVAT в качестве вызываемых инструментов. Он работает как Cloudflare Worker (через Wrangler) и проксирует запросы к общедоступным сервисам OpenCRAVAT.

Что предоставляет этот сервер

Он предоставляет инструменты MCP, которые позволяют клиенту MCP:

Узнавать, какие аннотаторы OpenCRAVAT запущены (курируемый набор по умолчанию).
Изучать схемы вывода аннотаторов (имена полей/типы/описания).
Аннотировать варианты по:
- геномным координатам (chrom/pos/ref/alt). Принимаются только координаты GRCh38/hg38.
- dbSNP rsID
- идентификатору реестра аллелей ClinGen (CAid)
- HGVS (g./c./p.)
Преобразовывать нотацию миссенс-мутаций белка (например, BRAF V600E) в кандидатные геномные изменения HGVS GRCh38 (через SynVar), которые затем можно передать для аннотации HGVS.

Подключение

Этот MCP-сервер размещен удаленно по адресу

https://mcp.opencravat.org/sse

Его также можно запустить локально.

Claude

Чтобы подключиться к Claude, следуйте этим инструкциям. Используйте указанный выше URL и не настраивайте аутентификацию. Для работы MCP не требуются данные пользователя. Не забудьте включить MCP в своем чате.

ChatGPT

Чтобы подключиться к ChatGPT, необходимо включить режим разработчика, а затем добавить пользовательское приложение:

Откройте настройки (Settings)
Перейдите в приложения (Apps)
В расширенных настройках (Advanced Settings) используйте переключатель, чтобы включить «Режим разработчика» (Developer Mode)
Нажмите «Создать приложение» (Create App)
Используйте указанный выше URL в качестве «URL-адреса сервера MCP» (MCP Server URL)
Установите для аутентификации значение «Без аутентификации» (No Auth)
Добавьте имя для приложения MCP, которое вы легко узнаете, например «OpenCRAVAT»

Вам нужно будет добавить MCP в новый чат, используя значок + в левом нижнем углу окна чата.

Локальный запуск

Предварительные требования:

Node.js (достаточно свежая версия для современных инструментов TypeScript; рекомендуется Node 18+)
npm

Установите зависимости:

npm install

Запустите сервер разработки (Wrangler):

npm start

По умолчанию ваша конечная точка MCP будет:

http://localhost:8787/sse

Подключение Claude Desktop

Чтобы подключиться к вашему серверу MCP из Claude Desktop, следуйте краткому руководству Anthropic и в Claude Desktop перейдите в Settings > Developer > Edit Config.

Обновите конфигурацию следующим образом:

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/sse"
      ]
    }
  }
}

Перезапустите Claude, и вы увидите, что инструменты стали доступны.