Servidor MCP de OpenCRAVAT

Este repositorio contiene un servidor MCP (Model Context Protocol) que expone la anotación de variantes mediante OpenCRAVAT como herramientas invocables. Se ejecuta como un Cloudflare Worker (a través de Wrangler) y actúa como proxy para las solicitudes a los servicios públicos de OpenCRAVAT.

Qué proporciona este servidor

Expone herramientas MCP que permiten a un cliente MCP:

• Descubrir qué anotadores de OpenCRAVAT se están ejecutando (un conjunto predeterminado seleccionado).

• Inspeccionar los esquemas de salida de los anotadores (nombres de campos/tipos/descripciones).

• Anotar variantes mediante:

  • coordenadas genómicas (crom/pos/ref/alt). Solo acepta coordenadas GRCh38/hg38.

  • dbSNP rsID

  • ID del Registro de Alelos de ClinGen (CAid)

  • HGVS (g./c./p.)

• Convertir una notación de cambio de aminoácido (p. ej., BRAF V600E) en cambios HGVS genómicos candidatos en GRCh38 (a través de SynVar), que luego puede pasar a la anotación HGVS.

Related MCP server: OakVar MCP Server

Conexión

Este servidor MCP está alojado de forma remota en

https://mcp.opencravat.org/mcp

También se puede ejecutar localmente.

Claude

Para conectarse a Claude, siga estas instrucciones. Utilice la URL anterior y no configure la autenticación. No se necesitan datos específicos del usuario para que el MCP funcione. Recuerde habilitar el MCP para su chat.

ChatGPT

Para conectarse con ChatGPT, debe habilitar el modo desarrollador y luego agregar una aplicación personalizada:

• Abra Configuración

• Vaya a Aplicaciones

• En Configuración avanzada, use el interruptor para activar el "Modo desarrollador"

• Haga clic en Crear aplicación

• Use la URL anterior como "URL del servidor MCP"

• Establezca la Autenticación en "Sin autenticación"

• Agregue un nombre a la aplicación MCP que pueda reconocer fácilmente, como "OpenCRAVAT"

Deberá agregar el MCP a un nuevo chat usando el icono + en la parte inferior izquierda del cuadro de chat.

Ejecución local

Requisitos previos:

• Node.js (lo suficientemente reciente para herramientas modernas de TypeScript; se recomienda Node 18+)

• npm

Instalar dependencias:

npm install

Iniciar el servidor de desarrollo (Wrangler):

npm start

De forma predeterminada, su punto final MCP será:

http://localhost:8787/mcp

Conectar Claude Desktop

Para conectarse a su servidor MCP desde Claude Desktop, siga la Guía de inicio rápido de Anthropic y, dentro de Claude Desktop, vaya a Configuración > Desarrollador > Editar configuración.

Actualice con esta configuración:

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/mcp"
      ]
    }
  }
}

Reinicie Claude y debería ver que las herramientas están disponibles.