OpenCRAVAT MCP-Server

Dieses Repository enthält einen MCP-Server (Model Context Protocol), der die OpenCRAVAT-basierte Variantenannotation als aufrufbare Tools bereitstellt. Er läuft als Cloudflare Worker (via Wrangler) und leitet Anfragen an öffentliche OpenCRAVAT-Dienste weiter.

Was dieser Server bietet

Er stellt MCP-Tools bereit, die es einem MCP-Client ermöglichen:

Zu entdecken, welche OpenCRAVAT-Annotatoren ausgeführt werden (ein kuratiertes Standard-Set).
Annotator-Ausgabeschemata zu untersuchen (Feldnamen/Typen/Beschreibungen).
Varianten zu annotieren durch:
- genomische Koordinaten (chrom/pos/ref/alt). Akzeptiert nur GRCh38/hg38-Koordinaten.
- dbSNP rsID
- ClinGen Allele Registry ID (CAid)
- HGVS (g./c./p.)
Eine Protein-Missense-Notation (z. B. BRAF V600E) in potenzielle GRCh38 genomische HGVS-Änderungen umzuwandeln (via SynVar), die Sie dann an die HGVS-Annotation weitergeben können.

Verbindung herstellen

Dieser MCP-Server wird remote gehostet unter

https://mcp.opencravat.org/sse

Er kann auch lokal ausgeführt werden.

Claude

Um eine Verbindung zu Claude herzustellen, folgen Sie diesen Anweisungen. Verwenden Sie die oben genannte URL und richten Sie keine Authentifizierung ein. Es sind keine benutzerspezifischen Daten erforderlich, damit das MCP funktioniert. Denken Sie daran, das MCP für Ihren Chat zu aktivieren.

ChatGPT

Um eine Verbindung mit ChatGPT herzustellen, müssen Sie den Entwicklermodus aktivieren und dann eine benutzerdefinierte App hinzufügen:

Öffnen Sie die Einstellungen
Gehen Sie zu Apps
Verwenden Sie in den erweiterten Einstellungen den Schalter, um den „Entwicklermodus“ einzuschalten
Klicken Sie auf App erstellen
Verwenden Sie die oben genannte URL als „MCP Server URL“
Setzen Sie die Authentifizierung auf „No Auth“
Geben Sie der MCP-App einen Namen, den Sie leicht wiedererkennen, wie z. B. „OpenCRAVAT“

Sie müssen das MCP zu einem neuen Chat hinzufügen, indem Sie das +-Symbol unten links im Chat-Fenster verwenden.

Lokal ausführen

Voraussetzungen:

Node.js (aktuell genug für moderne TypeScript-Tools; Node 18+ empfohlen)
npm

Abhängigkeiten installieren:

npm install

Den Entwicklungsserver starten (Wrangler):

npm start

Standardmäßig lautet Ihr MCP-Endpunkt:

http://localhost:8787/sse

Claude Desktop verbinden

Um von Claude Desktop eine Verbindung zu Ihrem MCP-Server herzustellen, folgen Sie Anthro pics Quickstart und gehen Sie innerhalb von Claude Desktop zu Einstellungen > Entwickler > Konfiguration bearbeiten.

Aktualisieren Sie mit dieser Konfiguration:

{
  "mcpServers": {
    "OpenCRAVAT": {
      "command": "npx",
      "args": [
        "mcp-remote",
        "http://localhost:8787/sse"
      ]
    }
  }
}

Starten Sie Claude neu, und Sie sollten sehen, dass die Tools verfügbar werden.