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SCMCP

by huang-sh
GitHub
Python
BSD 3-Clause
10
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⚠️ Wichtiger Hinweis : Dieses Repository wird nicht mehr gepflegt. Bitte besuchen Sie SCMCPHub für die neueste Version der MCP-Server.

SCMCP

Ein MCP-Server für die scRNA-Seq-Analyse mit natürlicher Sprache!

🪩 Was kann es?

  • IO-Modul wie Lesen und Schreiben von scRNA-Seq-Daten mit natürlicher Sprache
  • Vorverarbeitungsmodul, wie Filterung, Qualitätskontrolle, Normalisierung, Skalierung, hochvariable Gene, PCA, Nachbarn, …
  • Werkzeugmodul, wie Clustering, differentieller Ausdruck usw.
  • Plotmodul, wie Violine, Heatmap, Punktdiagramm
  • Analyse der Zell-Zell-Kommunikation

❓ Für wen ist das?

  • Jeder, der scRNA-Seq-Analysen in natürlicher Sprache durchführen möchte!
  • Agentenentwickler, die Scanpy-Funktionen für ihre Anwendungen aufrufen möchten

🌐 Wo kann man es verwenden?

Sie können scmcp in den meisten KI-Clients, Plugins oder Agent-Frameworks verwenden, die MCP unterstützen:

  • KI-Clients wie Cherry Studio
  • Plugins wie Cline
  • Agenten-Frameworks wie Agno

🎬 Demo

Eine Demo, die die scRNA-Seq-Zellclusteranalyse in einem KI-Client Cherry Studio unter Verwendung natürlicher Sprache basierend auf scmcp zeigt

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ Schnellstart

Installieren

Von PyPI installieren

pip install scmcp

Sie können es testen, indem Sie ausführen

scmcp run
Führen Sie scanpy-server lokal aus

Beachten Sie die folgende Konfiguration in Ihrem MCP-Client:

"mcpServers": { "scmcp": { "command": "scmcp", "args": [ "run" ] } }
Führen Sie den Scanpy-Server remote aus

Beachten Sie die folgende Konfiguration in Ihrem MCP-Client:

Führen Sie es auf Ihrem Server aus

scmcp run --transport sse --port 8000

Konfigurieren Sie dann Ihren MCP-Client wie folgt:

http://localhost:8000/sse

🤝 Beitragen

Bei Fragen können Sie uns gerne ein Problem melden oder mich kontaktieren ( hsh-me@outlook.com ). Auch Codebeiträge sind willkommen!

Install Server
A
security – no known vulnerabilities
A
license - permissive license
A
quality - confirmed to work

How are these scores calculated?

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Ein MCP-Server, der die Analyse der RNA-Sequenzierung einzelner Zellen mithilfe natürlicher Sprache ermöglicht und Datenverarbeitungs-, Visualisierungs- und Analyseaufgaben unterstützt, ohne dass Programmierkenntnisse erforderlich sind.

  1. 🪩 Was kann es?
    1. ❓ Für wen ist das?
      1. 🌐 Wo kann man es verwenden?
        1. 🎬 Demo
          1. 🏎️ Schnellstart
            1. Installieren
          2. 🤝 Beitragen

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