evo2-mcp

evo2-mcp 서버는 Evo 2를 MCP(Model Context Protocol) 서버로 노출하여 유전체 서열 분석을 위한 도구를 제공합니다. MCP 호환 클라이언트는 이 도구들을 사용하여 DNA 서열을 스코어링하고, 임베딩하며, 생성할 수 있습니다.

주요 기능

• 서열 스코어링: DNA 서열의 로그 확률 계산

• 서열 임베딩: 중간 모델 레이어에서 학습된 표현 추출

• 서열 생성: 제어된 샘플링을 통한 새로운 DNA 서열 생성

• 변이 효과 예측: 변이 우선순위 결정을 위한 SNP 돌연변이 스코어링

• 다중 모델 체크포인트: 7B, 40B 및 1B 파라미터 모델 지원

시작하기

사전 요구 사항: Python 3.12

1. Evo2 의존성 설치: 자세한 내용은 를 참조하세요.

   conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
   conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
   pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
   pip install evo2

2. evo2-mcp 설치:

   pip install evo2-mcp

3. MCP 서버 활성화: mcp.json 구성 파일에 다음을 추가하세요:

   {
   "mcpServers": {
      "evo2-mcp": {
         "command": "python",
         "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
      }
   }
   }

자세한 설치 지침은 를 참조하세요.

사용법

설치가 완료되면 MCP 호환 클라이언트를 통해 서버에 액세스할 수 있습니다. 사용 가능한 도구와 예제는 를 참조하세요.

사용 가능한 도구

• score_sequence - DNA 서열 가능성 평가

• embed_sequence - 특징 표현 추출

• generate_sequence - 새로운 DNA 서열 생성

• score_snp - 변이 효과 예측

• get_embedding_layers - 사용 가능한 임베딩 레이어 목록

• list_available_checkpoints - 지원되는 모델 체크포인트 표시

자세한 API 참조 및 예제는 를 참조하세요.

문서

• - 상세 설치 지침

• - 전체 API 문서 및 사용 예제

• - 기여 및 테스트 정보

• - 버전 기록 및 업데이트

또한 생물의학 MCP 서버를 위한 커뮤니티 허브인 BioContextAI에서 이 프로젝트를 찾을 수 있습니다.

인용

연구에 evo2-mcp를 사용하는 경우 다음을 인용해 주세요:

@software{evo2_mcp,
  author = {Kreuer, Jules},
  title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp},
  version = {0.2.3}
}

기반이 되는 Evo 2 모델에 대해서는 원본 Evo 2 논문을 인용해 주시기 바랍니다.

라이선스 및 저작자 표시

이 저장소의 배너 이미지는 Evo 2 프로젝트의 원본 Evo 2 배너를 수정한 버전이며, Apache 2.0 라이선스에 따라 배포됩니다. 이 이미지는 Google Gemini "Nanobana"와 GIMP를 사용하여 수정되었습니다.