evo2-mcp

Der evo2-mcp-Server stellt Evo 2 als Model Context Protocol (MCP)-Server bereit und bietet Werkzeuge für die Analyse genomischer Sequenzen. Jeder MCP-kompatible Client kann diese Werkzeuge verwenden, um DNA-Sequenzen zu bewerten, einzubetten (Embedding) und zu generieren.

Funktionen

• Sequenzbewertung: Berechnung von Log-Wahrscheinlichkeiten für DNA-Sequenzen

• Sequenz-Embedding: Extraktion gelernter Repräsentationen aus intermediären Modellschichten

• Sequenzgenerierung: Generierung neuartiger DNA-Sequenzen mit kontrolliertem Sampling

• Vorhersage von Varianten-Effekten: Bewertung von SNP-Mutationen zur Priorisierung von Varianten

• Mehrere Modell-Checkpoints: Unterstützung für 7B-, 40B- und 1B-Parameter-Modelle

Erste Schritte

Voraussetzungen: Python 3.12

1. Evo2-Abhängigkeiten installieren: Siehe für Details.

   conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
   conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
   pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
   pip install evo2

2. evo2-mcp installieren:

   pip install evo2-mcp

3. MCP-Server aktivieren: Fügen Sie Folgendes zu Ihrer mcp.json-Konfiguration hinzu:

   {
   "mcpServers": {
      "evo2-mcp": {
         "command": "python",
         "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
      }
   }
   }

Für detaillierte Installationsanweisungen siehe die .

Verwendung

Nach der Installation kann der Server von jedem MCP-kompatiblen Client aus aufgerufen werden. Für verfügbare Werkzeuge und Anwendungsbeispiele siehe die .

Verfügbare Werkzeuge

• score_sequence - Bewertung der DNA-Sequenz-Wahrscheinlichkeit

• embed_sequence - Extraktion von Merkmalsrepräsentationen

• generate_sequence - Generierung neuartiger DNA-Sequenzen

• score_snp - Vorhersage von Varianten-Effekten

• get_embedding_layers - Auflistung verfügbarer Embedding-Schichten

• list_available_checkpoints - Anzeige unterstützter Modell-Checkpoints

Siehe die für eine detaillierte API-Referenz und Beispiele.

Dokumentation

• - Detaillierte Installationsanweisungen

• - Vollständige API-Dokumentation und Anwendungsbeispiele

• - Informationen zu Mitwirkung und Tests

• - Versionshistorie und Updates

Sie finden dieses Projekt auch auf BioContextAI, dem Community-Hub für biomedizinische MCP-Server.

Zitierung

Wenn Sie evo2-mcp in Ihrer Forschung verwenden, zitieren Sie bitte:

@software{evo2_mcp,
  author = {Kreuer, Jules},
  title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp},
  version = {0.2.3}
}

Für das zugrunde liegende Evo 2-Modell zitieren Sie bitte auch die ursprüngliche Evo 2-Publikation.

Lizenz und Namensnennung

Das Banner-Bild in diesem Repository ist eine modifizierte Version des ursprünglichen Evo 2-Banners aus dem Evo 2-Projekt, das unter der Apache 2.0-Lizenz veröffentlicht wurde. Es wurde mit Google Gemini "Nanobana" und GIMP modifiziert.