evo2-mcp

Сервер evo2-mcp предоставляет Evo 2 в качестве сервера протокола контекста модели (MCP), предлагая инструменты для анализа геномных последовательностей. Любой MCP-совместимый клиент может использовать эти инструменты для оценки, создания эмбеддингов и генерации ДНК-последовательностей.

Возможности

• Оценка последовательностей: Вычисление логарифмических вероятностей для ДНК-последовательностей

• Создание эмбеддингов последовательностей: Извлечение изученных представлений из промежуточных слоев модели

• Генерация последовательностей: Генерация новых ДНК-последовательностей с контролируемой выборкой

• Прогнозирование эффектов вариантов: Оценка SNP-мутаций для приоритизации вариантов

• Несколько контрольных точек модели: Поддержка моделей с 7B, 40B и 1B параметров

Начало работы

Предварительные требования: Python 3.12

1. Установите зависимости Evo2: Подробности см. в .

   conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
   conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
   pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
   pip install evo2

2. Установите evo2-mcp:

   pip install evo2-mcp

3. Активируйте MCP-сервер: Добавьте следующее в вашу конфигурацию mcp.json:

   {
   "mcpServers": {
      "evo2-mcp": {
         "command": "python",
         "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
      }
   }
   }

Подробные инструкции по установке см. в .

Использование

После установки сервер может быть доступен любому MCP-совместимому клиенту. Информацию о доступных инструментах и примеры использования см. в .

Доступные инструменты

• score_sequence - Оценка вероятности ДНК-последовательности

• embed_sequence - Извлечение представлений признаков

• generate_sequence - Генерация новых ДНК-последовательностей

• score_snp - Прогнозирование эффектов вариантов

• get_embedding_layers - Список доступных слоев эмбеддингов

• list_available_checkpoints - Отображение поддерживаемых контрольных точек модели

См. для получения подробной справочной информации по API и примеров.

Документация

• - Подробные инструкции по установке

• - Полная документация API и примеры использования

• - Информация о внесении вклада и тестировании

• - История версий и обновления

Вы также можете найти этот проект на BioContextAI, общественном хабе для биомедицинских MCP-серверов.

Цитирование

Если вы используете evo2-mcp в своих исследованиях, пожалуйста, укажите:

@software{evo2_mcp,
  author = {Kreuer, Jules},
  title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp},
  version = {0.2.3}
}

Для базовой модели Evo 2, пожалуйста, также укажите оригинальную публикацию Evo 2.

Лицензия и атрибуция

Баннер в этом репозитории является модифицированной версией оригинального баннера Evo 2 из проекта Evo 2, который выпущен под лицензией Apache 2.0. Он был изменен с помощью Google Gemini "Nanobana" и GIMP.