evo2-mcp

El servidor evo2-mcp expone Evo 2 como un servidor del Protocolo de Contexto de Modelo (MCP), proporcionando herramientas para el análisis de secuencias genómicas. Cualquier cliente compatible con MCP puede utilizar estas herramientas para puntuar, incrustar y generar secuencias de ADN.

Características

• Puntuación de secuencias: Calcular log-probabilidades para secuencias de ADN

• Incrustación de secuencias: Extraer representaciones aprendidas de las capas intermedias del modelo

• Generación de secuencias: Generar secuencias de ADN novedosas con muestreo controlado

• Predicción de efectos de variantes: Puntuar mutaciones SNP para la priorización de variantes

• Múltiples puntos de control del modelo: Soporte para modelos de 7B, 40B y 1B parámetros

Primeros pasos

Requisitos previos: Python 3.12

1. Instalar dependencias de Evo2: Consulte la para obtener más detalles.

   conda install -c nvidia cuda-nvcc cuda-cudart-dev
   conda install -c conda-forge transformer-engine-torch=2.3.0
   pip install flash-attn==2.8.0.post2 --no-build-isolation
   pip install evo2

2. Instalar evo2-mcp:

   pip install evo2-mcp

3. Activar el servidor MCP: Añada lo siguiente a su configuración mcp.json:

   {
   "mcpServers": {
      "evo2-mcp": {
         "command": "python",
         "args": ["-m", "evo2_mcp.main"]
      }
   }
   }

Para obtener instrucciones de instalación detalladas, consulte la .

Uso

Una vez instalado, el servidor puede ser accedido por cualquier cliente compatible con MCP. Para ver las herramientas disponibles y ejemplos de uso, consulte la .

Herramientas disponibles

• score_sequence - Evaluar la verosimilitud de una secuencia de ADN

• embed_sequence - Extraer representaciones de características

• generate_sequence - Generar secuencias de ADN novedosas

• score_snp - Predecir efectos de variantes

• get_embedding_layers - Listar las capas de incrustación disponibles

• list_available_checkpoints - Mostrar los puntos de control del modelo soportados

Consulte la para obtener una referencia detallada de la API y ejemplos.

Documentación

• - Instrucciones de instalación detalladas

• - Documentación completa de la API y ejemplos de uso

• - Información sobre contribución y pruebas

• - Historial de versiones y actualizaciones

También puede encontrar este proyecto en BioContextAI, el centro comunitario para servidores MCP biomédicos.

Cita

Si utiliza evo2-mcp en su investigación, por favor cite:

@software{evo2_mcp,
  author = {Kreuer, Jules},
  title = {evo2-mcp: MCP server for Evo 2 genomic sequence operations},
  year = {2025},
  url = {https://github.com/not-a-feature/evo2-mcp},
  version = {0.2.3}
}

Para el modelo Evo 2 subyacente, por favor cite también la publicación original de Evo 2.

Licencia y atribución

La imagen del banner en este repositorio es una versión modificada del banner original de Evo 2 del proyecto Evo 2, el cual se publica bajo la Licencia Apache 2.0. Fue modificado usando Google Gemini "Nanobana" y GIMP.