propaths-mcp

一个 MCP 服务器，将 ProPaths 经过验证的蛋白质相互作用组作为只读工具提供给 AI 智能体。它是公共 ProPaths API（https://propaths.net）的一个轻量级客户端，因此每个工具返回的内容都与 API 的 JSON 完全一致。无需账户，无需 API 密钥。

ProPaths 会阅读蛋白质的原始文献，并返回一个经过验证的图，其中包含类型化、有方向、机制性的相互作用，外加一个通路本体。目前，一种蛋白质（ATXN3）已被完整映射。

快速开始（Claude Desktop / 任何 MCP 客户端）

将此添加到你的 MCP 客户端配置中。uvx 会获取并运行服务器；无需克隆或安装任何内容。

{
  "mcpServers": {
    "propaths": {
      "command": "uvx",
      "args": ["propaths-mcp"]
    }
  }
}

然后可以提问，例如：“在 ProPaths 中搜索 SCA3，并总结其最强的机制性相互作用。” 智能体会先调用 search_proteins，再调用 get_protein，并使用 get_interaction 深入查看。

更喜欢直接使用原始 API？它是公开的，且无需密钥：

curl https://propaths.net/api/protein/ATXN3
curl 'https://propaths.net/api/search?q=SCA3'

工具

此外，还以 MCP 资源（propaths://schema、propaths://interaction-types、propaths://pathways/tree，以及 propaths://protein/{symbol} 模板）和提示（profile-protein、strongest-evidence、explain-pathway）的形式提供。

所有工具都是只读且幂等的。

配置

不使用 uvx 运行

pip install propaths-mcp
propaths-mcp            # runs the stdio server
# or: python -m propaths_mcp

在发布之前，你可以直接从仓库运行：

uvx --from git+https://github.com/Tahsin-Kazi/propaths-mcp propaths-mcp

备注

• 只读且公开；读取操作按客户端限速。写入/富化访问和托管 MCP 需要授权。请联系我们。

• 错误处理很优雅：找不到蛋白质时返回 {"error": "...", "status": 404}；API 不可达时会抛出带提示的异常。

文档：https://propaths.net/quick-start · 许可证：MIT