propaths-mcp

Ein MCP-Server, der das ProPaths-verifizierte Protein-Interaktom als schreibgeschützte Werkzeuge für KI-Agenten bereitstellt. Es ist ein schlanker Client für die öffentliche ProPaths-API (https://propaths.net), sodass jedes Werkzeug exakt das JSON der API zurückgibt. Kein Konto, kein API-Schlüssel.

ProPaths liest die Primärliteratur eines Proteins und liefert einen verifizierten Graphen aus typisierten, gerichteten, mechanistischen Interaktionen sowie eine Pathway-Ontologie. Ein Protein (ATXN3) ist derzeit vollständig kartiert.

Schnellstart (Claude Desktop / jeder MCP-Client)

Fügen Sie dies zu Ihrer MCP-Client-Konfiguration hinzu. uvx lädt den Server herunter und führt ihn aus; nichts muss geklont oder installiert werden.

{
  "mcpServers": {
    "propaths": {
      "command": "uvx",
      "args": ["propaths-mcp"]
    }
  }
}

Fragen Sie dann z. B.: „Suche bei ProPaths nach SCA3 und fasse seine stärkste mechanistische Interaktion zusammen.“ Der Agent ruft search_proteins und dann get_protein auf und geht mit get_interaction ins Detail.

Bevorzugen Sie die direkte API? Sie ist öffentlich und benötigt keinen Schlüssel:

curl https://propaths.net/api/protein/ATXN3
curl 'https://propaths.net/api/search?q=SCA3'

Werkzeuge

Außerdem als MCP-Ressourcen (propaths://schema, propaths://interaction-types, propaths://pathways/tree und die Vorlage propaths://protein/{symbol}) sowie als Prompts (profile-protein, strongest-evidence, explain-pathway) bereitgestellt.

Alle Werkzeuge sind schreibgeschützt und idempotent.

Konfiguration

Ohne uvx ausführen

pip install propaths-mcp
propaths-mcp            # runs the stdio server
# or: python -m propaths_mcp

Bevor es veröffentlicht ist, können Sie es direkt aus dem Repository ausführen:

uvx --from git+https://github.com/Tahsin-Kazi/propaths-mcp propaths-mcp

Hinweise

• Schreibgeschützt und öffentlich; Lesezugriffe sind pro Client ratenbegrenzt. Schreib-/Anreicherungszugriff und ein gehosteter MCP-Server sind zugangsbeschränkt. Kontaktieren Sie uns.

• Fehler werden sauber behandelt: Ein fehlendes Protein gibt {"error": "...", "status": 404} zurück; eine nicht erreichbare API wirft eine Ausnahme mit einem Hinweis.

Dokumentation: https://propaths.net/quick-start · Lizenz: MIT