propaths-mcp

Un servidor MCP que expone el interactoma de proteínas verificado de ProPaths como herramientas de solo lectura para agentes de IA. Es un cliente ligero sobre la API pública de ProPaths (https://propaths.net), por lo que cada herramienta devuelve exactamente el JSON de la API. Sin cuenta, sin clave de API.

ProPaths lee la literatura primaria de una proteína y devuelve un grafo verificado de interacciones tipadas, dirigidas y mecanicistas más una ontología de rutas. Una proteína (ATXN3) está completamente mapeada hoy.

Inicio rápido (Claude Desktop / cualquier cliente MCP)

Añade esto a la configuración de tu cliente MCP. uvx descarga y ejecuta el servidor; no hay nada que clonar o instalar.

{
  "mcpServers": {
    "propaths": {
      "command": "uvx",
      "args": ["propaths-mcp"]
    }
  }
}

Luego pregunta, por ejemplo, "busca en ProPaths SCA3 y resume su interacción mecanicista más fuerte." El agente llamará a search_proteins y luego a get_protein, y profundizará con get_interaction.

¿Prefieres la API cruda? Es pública y sin clave:

curl https://propaths.net/api/protein/ATXN3
curl 'https://propaths.net/api/search?q=SCA3'

Herramientas

También expuestos como recursos MCP (propaths://schema, propaths://interaction-types, propaths://pathways/tree y la plantilla propaths://protein/{symbol}) y prompts (profile-protein, strongest-evidence, explain-pathway).

Todas las herramientas son de solo lectura e idempotentes.

Configuración

Ejecutar sin uvx

pip install propaths-mcp
propaths-mcp            # runs the stdio server
# or: python -m propaths_mcp

Antes de que se publique, puedes ejecutarlo directamente desde el repositorio:

uvx --from git+https://github.com/Tahsin-Kazi/propaths-mcp propaths-mcp

Notas

• Solo lectura y público; las lecturas están limitadas por cliente. El acceso de escritura/enriquecimiento y un MCP alojado están restringidos. Ponte en contacto.

• Los errores son elegantes: una proteína ausente devuelve {"error": "...", "status": 404}; una API inalcanzable lanza una excepción con una pista.

Documentación: https://propaths.net/quick-start · Licencia: MIT