propaths-mcp

Сервер MCP, который предоставляет проверенный белковый интерактом ProPaths в виде инструментов только для чтения для ИИ-агентов. Это тонкий клиент поверх публичного API ProPaths (https://propaths.net), поэтому каждый инструмент возвращает ровно JSON API. Без аккаунта, без API-ключа.

ProPaths читает первичную литературу о белке и возвращает проверенный граф типизированных, направленных, механистических взаимодействий плюс онтологию путей. На сегодня полностью картирован один белок (ATXN3).

Быстрый старт (Claude Desktop / любой MCP-клиент)

Добавьте это в конфигурацию вашего MCP-клиента. uvx загружает и запускает сервер; ничего клонировать или устанавливать не нужно.

{
  "mcpServers": {
    "propaths": {
      "command": "uvx",
      "args": ["propaths-mcp"]
    }
  }
}

Затем спросите, например: «найдите в ProPaths SCA3 и обобщите его самое сильное механистическое взаимодействие». Агент вызовет search_proteins, затем get_protein и углубится с помощью get_interaction.

Предпочитаете сырой API? Он публичный и без ключа:

curl https://propaths.net/api/protein/ATXN3
curl 'https://propaths.net/api/search?q=SCA3'

Инструменты

Также доступны как MCP ресурсы (propaths://schema, propaths://interaction-types, propaths://pathways/tree и шаблон propaths://protein/{symbol}) и подсказки (profile-protein, strongest-evidence, explain-pathway).

Все инструменты доступны только для чтения и идемпотентны.

Конфигурация

Запуск без uvx

pip install propaths-mcp
propaths-mcp            # runs the stdio server
# or: python -m propaths_mcp

До публикации вы можете запустить прямо из репозитория:

uvx --from git+https://github.com/Tahsin-Kazi/propaths-mcp propaths-mcp

Примечания

• Только чтение и публичный доступ; чтение ограничено по частоте для каждого клиента. Доступ на запись/обогащение и размещённый MCP ограничены. Свяжитесь с нами.

• Ошибки обрабатываются корректно: отсутствующий белок возвращает {"error": "...", "status": 404}; недоступный API вызывает исключение с подсказкой.

Документация: https://propaths.net/quick-start · Лицензия: MIT