SCMCP

自然言語による scRNA-Seq 解析のための MCP サーバーです。

🪩 何ができるの？

• 自然言語でscRNA-Seqデータの読み書きを行うIOモジュール

• フィルタリング、品質管理、正規化、スケーリング、高度に可変的な遺伝子、PCA、近傍などの前処理モジュール。

• クラスタリング、差分発現などのツール モジュール。

• バイオリン、ヒートマップ、ドットプロットなどのプロットモジュール

• 細胞間コミュニケーション解析

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❓ これは誰向けですか?

• scRNA-Seq解析を自然言語でやりたい方！

• アプリケーションでスキャンピーの関数を呼び出したいエージェント開発者

🌐 どこで使えますか？

MCP をサポートするほとんどの AI クライアント、プラグイン、またはエージェント フレームワークで scmcp を使用できます。

• Cherry StudioのようなAIクライアント

• Clineのようなプラグイン

• Agnoのようなエージェントフレームワーク

🎬 デモ

scmcpに基づく自然言語を使用したAIクライアントCherry StudioでのscRNA-Seq細胞クラスター解析を示すデモ

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ クイックスタート

インストール

PyPIからインストール

pip install scmcp

実行することでテストできます

scmcp run

scnapy-serverをローカルで実行する

MCP クライアントで次の構成を参照してください。

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

scnapy-serverをリモートで実行する

MCP クライアントで次の構成を参照してください。

サーバーで実行する

scmcp run --transport sse --port 8000

次に、MCP クライアントを次のように構成します。

http://localhost:8000/sse

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