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SCMCP

Ein MCP-Server für die scRNA-Seq-Analyse mit natürlicher Sprache!

🪩 Was kann es?

• IO-Modul wie Lesen und Schreiben von scRNA-Seq-Daten mit natürlicher Sprache

• Vorverarbeitungsmodul, wie Filterung, Qualitätskontrolle, Normalisierung, Skalierung, hochvariable Gene, PCA, Nachbarn, …

• Werkzeugmodul, wie Clustering, differentieller Ausdruck usw.

• Plotmodul, wie Violine, Heatmap, Punktdiagramm

• Analyse der Zell-Zell-Kommunikation

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❓ Für wen ist das?

• Jeder, der scRNA-Seq-Analysen in natürlicher Sprache durchführen möchte!

• Agentenentwickler, die Scanpy-Funktionen für ihre Anwendungen aufrufen möchten

🌐 Wo kann man es verwenden?

Sie können scmcp in den meisten KI-Clients, Plugins oder Agent-Frameworks verwenden, die MCP unterstützen:

• KI-Clients wie Cherry Studio

• Plugins wie Cline

• Agenten-Frameworks wie Agno

🎬 Demo

Eine Demo, die die scRNA-Seq-Zellclusteranalyse in einem KI-Client Cherry Studio unter Verwendung natürlicher Sprache basierend auf scmcp zeigt

https://github.com/user-attachments/assets/93a8fcd8-aa38-4875-a147-a5eeff22a559

🏎️ Schnellstart

Installieren

Von PyPI installieren

pip install scmcp

Sie können es testen, indem Sie ausführen

scmcp run

Führen Sie scanpy-server lokal aus

Beachten Sie die folgende Konfiguration in Ihrem MCP-Client:

"mcpServers": {
  "scmcp": {
    "command": "scmcp",
    "args": [
      "run"
    ]
  }
}

Führen Sie den Scanpy-Server remote aus

Beachten Sie die folgende Konfiguration in Ihrem MCP-Client:

Führen Sie es auf Ihrem Server aus

scmcp run --transport sse --port 8000

Konfigurieren Sie dann Ihren MCP-Client wie folgt:

http://localhost:8000/sse

🤝 Beitragen

Bei Fragen können Sie uns gerne ein Problem melden oder mich kontaktieren ( hsh-me@outlook.com ). Auch Codebeiträge sind willkommen!