microbe-mcp

MCP для анализа микробиома / ампликонов (16S · ITS) на нижнем уровне. Оборачивает R-скрипты vegan / DESeq2 / edgeR / igraph / Hmisc / randomForest / ggtree в инструменты, которые локальный Rscript выводит в png + pdf.

Графики выровнены по двум опубликованным статьям (для воспроизведения макета, без прилагаемых исходных данных):

• Liu et al. 2023, Nature Microbiology — филлосферный микробиом при пирикуляриозе риса

• Zhou et al. 2022, Nature Communications — трансцарственный синтетический микробиом при фузариозном увядании томатов

R-движок

Приоритет: MICROBE_RSCRIPT → Rscript из PATH → C:\Program Files\R\... / реестр.

$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli

Related MCP server: methods-mcp

Контракт данных (3 CSV)

Инструменты (9)

microbe_env microbe_alpha microbe_beta microbe_composition microbe_diff microbe_network microbe_rf microbe_corr microbe_tree

Не включает reads → ASV (DADA2/QIIME2). Достаточно уже имеющейся таблицы признаков.

Тестирование

python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py

Регистрация

{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

Лицензия

MIT.