# microbe-mcp

下游 **微生物组 / 扩增子（16S · ITS）** 分析 MCP。把 vegan / DESeq2 / edgeR / igraph /
Hmisc / randomForest / ggtree 等 R 脚本封装为工具，由本机 **Rscript** 产出 png + pdf。

图型对齐两篇公开论文（便于复刻布局，不附带其原始数据）：

- Liu et al. 2023, *Nature Microbiology* — 稻曲病叶际菌群
- Zhou et al. 2022, *Nature Communications* — 番茄枯萎病跨界合成菌群

## R 引擎

优先级：`MICROBE_RSCRIPT` → PATH 上的 `Rscript` → `C:\Program Files\R\...` / 注册表。

```powershell
$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli
```

## 数据契约（3 张 CSV）

| 文件 | 必需列 |
| --- | --- |
| `feature_table.csv` | `feature_id` + 各样本计数 |
| `taxonomy.csv` | `feature_id` + 界门纲目科属种，或 QIIME 分号串 |
| `metadata.csv` | `sample_name` + `group`；可选环境/代谢物数值列 |

## 工具（9）

`microbe_env` `microbe_alpha` `microbe_beta` `microbe_composition` `microbe_diff`
`microbe_network` `microbe_rf` `microbe_corr` `microbe_tree`

不含 reads → ASV（DADA2/QIIME2）。已有特征表即可接入。

## 测试

```powershell
python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py
```

## 注册

```json
{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}
```

## 许可

MIT。