microbe-mcp

하류 미생물군집 / 앰플리콘(16S · ITS) 분석 MCP. vegan / DESeq2 / edgeR / igraph / Hmisc / randomForest / ggtree 등의 R 스크립트를 도구로 캡슐화하여, 로컬 Rscript가 png + pdf를 산출합니다.

그림은 두 편의 공개 논문에 맞춰 정렬됩니다(레이아웃 재현이 용이하며, 원본 데이터는 포함하지 않음):

• Liu et al. 2023, Nature Microbiology — 벼 깜부기병 엽권 미생물군집

• Zhou et al. 2022, Nature Communications — 토마토 시들음병 교차계 합성 미생물군집

R 엔진

우선순위: MICROBE_RSCRIPT → PATH의 Rscript → C:\Program Files\R\... / 레지스트리.

$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli

Related MCP server: methods-mcp

데이터 계약(CSV 3장)

도구(9개)

microbe_env microbe_alpha microbe_beta microbe_composition microbe_diff microbe_network microbe_rf microbe_corr microbe_tree

reads → ASV(DADA2/QIIME2)는 포함하지 않습니다. 기존 피처 테이블만 있으면 바로 연동할 수 있습니다.

테스트

python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py

등록

{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

라이선스

MIT.