microbe-mcp

Downstream Mikrobiom / Amplikon (16S · ITS)-Analyse-MCP. Kapselt R-Skripte wie vegan / DESeq2 / edgeR / igraph / Hmisc / randomForest / ggtree als Werkzeuge und erzeugt über lokales Rscript png + pdf.

Die Abbildungen orientieren sich an zwei öffentlichen Arbeiten (zur Reproduktion des Layouts, ohne deren Rohdaten):

• Liu et al. 2023, Nature Microbiology — Phyllosphären-Mikrobiom bei Reisbrand

• Zhou et al. 2022, Nature Communications — synthetisches Interkingdom-Mikrobiom der Tomatenwelke

R-Engine

Priorität: MICROBE_RSCRIPT → Rscript im PATH → C:\Program Files\R\... / Registrierung.

$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli

Related MCP server: methods-mcp

Datenvertrag (3 CSVs)

Werkzeuge (9)

microbe_env microbe_alpha microbe_beta microbe_composition microbe_diff microbe_network microbe_rf microbe_corr microbe_tree

Keine Reads → ASV (DADA2/QIIME2). Eine vorhandene Feature-Tabelle genügt.

Tests

python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py

Registrierung

{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

Lizenz

MIT.