microbe-mcp

下流の 微生物叢 / アンプリコン（16S・ITS） 解析 MCP。vegan / DESeq2 / edgeR / igraph / Hmisc / randomForest / ggtree などの R スクリプトをツールとしてラップし、ローカルの Rscript が png + pdf を出力します。

図は2本の公開論文に合わせています（レイアウトの再現を容易にするため、元データは付属しません）：

• Liu et al. 2023, Nature Microbiology — 稲こうじ病の葉圏微生物叢

• Zhou et al. 2022, Nature Communications — トマト萎凋病のクロスキングダム合成微生物叢

R エンジン

優先順位：MICROBE_RSCRIPT → PATH 上の Rscript → C:\Program Files\R\... / レジストリ。

$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli

Related MCP server: methods-mcp

データ契約（3枚のCSV）

ツール（9）

microbe_env microbe_alpha microbe_beta microbe_composition microbe_diff microbe_network microbe_rf microbe_corr microbe_tree

reads → ASV（DADA2/QIIME2）は含みません。既存の特徴テーブルがあれば接続できます。

テスト

python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py

登録

{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

ライセンス

MIT。