microbe-mcp

Análisis de microbioma / amplicón (16S · ITS) aguas abajo con MCP. Envuelve scripts de R como vegan / DESeq2 / edgeR / igraph / Hmisc / randomForest / ggtree como herramientas, produciendo png + pdf mediante Rscript local.

Los gráficos se alinean con dos artículos públicos (para replicar el diseño, sin incluir sus datos originales):

• Liu et al. 2023, Nature Microbiology — Microbiota foliar del añublo del arroz

• Zhou et al. 2022, Nature Communications — Microbiota sintética trans-reino de la marchitez del tomate

Motor R

Prioridad: MICROBE_RSCRIPT → Rscript en PATH → C:\Program Files\R\... / registro.

$env:MICROBE_RSCRIPT = "C:\Program Files\R\R-4.5.1\bin\Rscript.exe"
uv run microbe-cli

Related MCP server: methods-mcp

Contrato de datos (3 CSV)

Herramientas (9)

microbe_env microbe_alpha microbe_beta microbe_composition microbe_diff microbe_network microbe_rf microbe_corr microbe_tree

No incluye reads → ASV (DADA2/QIIME2). Basta con una tabla de características existente para conectar.

Pruebas

python tests/prep_test.py   # 合成扩增子表，无真实样本
python tests/smoke.py

Registro

{
  "mcpServers": {
    "microbe": {
      "command": "uv",
      "args": ["run", "--directory", "/absolute/path/to/microbe-mcp", "server.py"],
      "env": { "MICROBE_RSCRIPT": "/path/to/Rscript" }
    }
  }
}

Licencia

MIT.