SAMtools MCP (протокол управления моделью)

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

Функции

Просмотр и конвертация файлов SAM/BAM/CRAM
Сортировать файлы выравнивания
Индекс файлов BAM/CRAM
Генерировать статистику
Объединить несколько файлов BAM
Рассчитать глубину чтения
Индекс файлов FASTA
И многое другое...

Основные возможности

Поддержка форматов файлов : обработка файлов выравнивания SAM (текстовых), BAM (двоичных) и CRAM (сжатых)
Преобразование форматов : легкое преобразование между форматами SAM, BAM и CRAM.
Анализ конкретных областей : извлечение и анализ определенных областей генома.
Фильтрация на основе флагов : фильтрация считываний на основе флагов SAM
Оптимизация производительности : многопоточные операции сортировки и слияния
Статистический анализ : создание комплексной статистики выравнивания

Обзор инструментов

Инструмент	Описание	Основные характеристики
`view`	Просмотр и конвертация файлов выравнивания	- Преобразование форматов (SAM/BAM/CRAM)- Фильтрация регионов- Фильтрация на основе флагов- Манипулирование заголовками
`sort`	Сортировать файлы выравнивания	- Сортировка на основе координат- Сортировка на основе имен- Управление памятью на поток- Поддержка многопоточности
`index`	Индекс файлов BAM/CRAM	- Генерация индекса BAI- Поддержка индекса CSI- Создание индекса CRAM
`merge`	Объединение нескольких файлов BAM/CRAM	- Объединение нескольких файлов. - Обработка с поддержкой потоков. - Согласование заголовков.
`depth`	Рассчитать глубину чтения	- Расчет глубины для каждой базы - Анализ, специфичный для региона - Поддержка нескольких файлов
`flagstat`	Генерация статистики выравнивания	- Комплексная статистика флагов - Проверки качества - Метрики парных концов
`idxstats`	Статистика индекса BAM/CRAM	- Статистика референтной последовательности - Количество сопоставленных/несопоставленных последовательностей - Информация о длине
`faidx`	Индекс файлов FASTA	- Индексация FASTA- Извлечение регионов- Извлечение последовательностей

Related MCP server: Nmap MCP Server

Установка

Использование Docker (рекомендуется)

Самый простой способ использовать SAMtools MCP — через Docker:

# Pull the Docker image docker pull nadhir/samtools-mcp:latest # Run the container docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest # To process BAM files, mount a volume: docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Локальная установка

Клонируйте репозиторий:

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git cd samtools_mcp

Установить зависимости:

pip install uv uv pip install -r requirements.txt

Конфигурация

Конфигурация сервера MCP

Чтобы настроить сервер MCP для использования образа Docker, добавьте в файл конфигурации MCP следующее:

{ "servers": { "samtools": { "type": "docker", "image": "nadhir/samtools-mcp:latest", "volumes": [ { "source": "/path/to/your/data", "target": "/data" } ] } } }

Локальная конфигурация MCP

Чтобы настроить MCP для работы с использованием uv , добавьте следующее в ваш ~/.cursor/mcp.json :

{ "samtools_mcp": { "command": "uv", "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"] } }

Замените /path/to/samtools_mcp.py на фактический путь к вашему файлу samtools_mcp.py .

Использование

Основные команды

Просмотреть BAM-файл:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP mcp = SamtoolsMCP() result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

Сортировать BAM-файл:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

Индексный BAM-файл:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Расширенное использование

Просмотр конкретного региона с флагами:

result = mcp.view( input_file="/data/example.bam", region="chr1:1000-2000", flags_required="0x2", output_format="SAM" )

Сортировать по названию прочитанного:

result = mcp.sort( input_file="/data/example.bam", output_file="/data/namesorted.bam", sort_by_name=True )

Рассчитать глубину с несколькими входными файлами:

result = mcp.depth( input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"], region="chr1:1-1000000" )

Внося вклад

Вклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT — подробности см. в файле LICENSE.

This server cannot be installed

-

security - not tested

F

license - not found

-

quality - not tested

How are these scores calculated?

Resources

GitHub Repository

Need Help?

Report Issue

Related Servers

samtools_mcp