Skip to main content
Glama
deenesjakoruzh

samtools_mcp

by sirusb
GitHub
Python
OverviewInspectNewSchemaRelated ServersReviewsScore
Need Help?View Source CodeReport Issue

SAMtools MCP (протокол управления моделью)

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

Функции

  • Просмотр и конвертация файлов SAM/BAM/CRAM
  • Сортировать файлы выравнивания
  • Индекс файлов BAM/CRAM
  • Генерировать статистику
  • Объединить несколько файлов BAM
  • Рассчитать глубину чтения
  • Индекс файлов FASTA
  • И многое другое...

Основные возможности

  • Поддержка форматов файлов : обработка файлов выравнивания SAM (текстовых), BAM (двоичных) и CRAM (сжатых)
  • Преобразование форматов : легкое преобразование между форматами SAM, BAM и CRAM.
  • Анализ конкретных областей : извлечение и анализ определенных областей генома.
  • Фильтрация на основе флагов : фильтрация считываний на основе флагов SAM
  • Оптимизация производительности : многопоточные операции сортировки и слияния
  • Статистический анализ : создание комплексной статистики выравнивания

Обзор инструментов

ИнструментОписаниеОсновные характеристики
viewПросмотр и конвертация файлов выравнивания- Преобразование форматов (SAM/BAM/CRAM)- Фильтрация регионов- Фильтрация на основе флагов- Манипулирование заголовками
sortСортировать файлы выравнивания- Сортировка на основе координат- Сортировка на основе имен- Управление памятью на поток- Поддержка многопоточности
indexИндекс файлов BAM/CRAM- Генерация индекса BAI- Поддержка индекса CSI- Создание индекса CRAM
mergeОбъединение нескольких файлов BAM/CRAM- Объединение нескольких файлов. - Обработка с поддержкой потоков. - Согласование заголовков.
depthРассчитать глубину чтения- Расчет глубины для каждой базы - Анализ, специфичный для региона - Поддержка нескольких файлов
flagstatГенерация статистики выравнивания- Комплексная статистика флагов - Проверки качества - Метрики парных концов
idxstatsСтатистика индекса BAM/CRAM- Статистика референтной последовательности - Количество сопоставленных/несопоставленных последовательностей - Информация о длине
faidxИндекс файлов FASTA- Индексация FASTA- Извлечение регионов- Извлечение последовательностей

Установка

Использование Docker (рекомендуется)

Самый простой способ использовать SAMtools MCP — через Docker:

# Pull the Docker image docker pull nadhir/samtools-mcp:latest # Run the container docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest # To process BAM files, mount a volume: docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Локальная установка

  1. Клонируйте репозиторий:
git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git cd samtools_mcp
  1. Установить зависимости:
pip install uv uv pip install -r requirements.txt

Конфигурация

Конфигурация сервера MCP

Чтобы настроить сервер MCP для использования образа Docker, добавьте в файл конфигурации MCP следующее:

{ "servers": { "samtools": { "type": "docker", "image": "nadhir/samtools-mcp:latest", "volumes": [ { "source": "/path/to/your/data", "target": "/data" } ] } } }

Локальная конфигурация MCP

Чтобы настроить MCP для работы с использованием uv , добавьте следующее в ваш ~/.cursor/mcp.json :

{ "samtools_mcp": { "command": "uv", "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"] } }

Замените /path/to/samtools_mcp.py на фактический путь к вашему файлу samtools_mcp.py .

Использование

Основные команды

  1. Просмотреть BAM-файл:
from samtools_mcp import SamtoolsMCP mcp = SamtoolsMCP() result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")
  1. Сортировать BAM-файл:
result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")
  1. Индексный BAM-файл:
result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Расширенное использование

  1. Просмотр конкретного региона с флагами:
result = mcp.view( input_file="/data/example.bam", region="chr1:1000-2000", flags_required="0x2", output_format="SAM" )
  1. Сортировать по названию прочитанного:
result = mcp.sort( input_file="/data/example.bam", output_file="/data/namesorted.bam", sort_by_name=True )
  1. Рассчитать глубину с несколькими входными файлами:
result = mcp.depth( input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"], region="chr1:1-1000000" )

Внося вклад

Вклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT — подробности см. в файле LICENSE.

This server cannot be installed

-
security - not tested
F
license - not found
-
quality - not tested

How are these scores calculated?

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

  1. Функции
    1. Основные возможности
    2. Обзор инструментов
  2. Установка
    1. Использование Docker (рекомендуется)
    2. Локальная установка
  3. Конфигурация
    1. Конфигурация сервера MCP
    2. Локальная конфигурация MCP
  4. Использование
    1. Основные команды
    2. Расширенное использование
  5. Внося вклад
    1. Лицензия

      Related MCP Servers

      • MCP Toolbox

        ai-zerolab
        -
        security
        A
        license
        -
        quality
        A comprehensive toolkit that enhances LLM capabilities through the Model Context Protocol, allowing LLMs to interact with external services including command-line operations, file management, Figma integration, and audio processing.
        Last updated -
        22
        Python
        Apache 2.0
        • Linux
        • Apple

      • Nmap MCP Server

        imjdl
        A
        security
        A
        license
        A
        quality
        A Model Control Protocol server that provides access to nmap network scanning functionality, allowing users to run customizable scans, store results, and analyze network security using AI prompts.
        Last updated -
        3
        8
        Python
        MIT License
        • Linux

      • MCP Server for iOS Simulator

        atom2ueki
        A
        security
        A
        license
        A
        quality
        A bridge between iOS simulators and the Model Context Protocol, enabling programmatic control of iOS simulators through standardized communication interfaces.
        Last updated -
        12
        30
        TypeScript
        MIT License
        • Apple

      • MCP YAML API

        molavec
        A
        security
        F
        license
        A
        quality
        A Model Context Protocol server that creates tools from API configurations defined in YAML files, allowing easy integration of external APIs into an MCP ecosystem without coding.
        Last updated -
        7
        8
        6
        TypeScript

      View all related MCP servers

      Appeared in Searches

      New MCP Servers

      MCP directory API

      We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

      curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/sirusb/samtools_mcp'

      If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server