Skip to main content
Glama
Sign In
deenesjakoruzh

samtools_mcp

by sirusb
GitHub
Python
OverviewInspectNewSchemaRelated ServersReviewsScore
Need Help?View Source CodeReport Issue

SAMtools MCP (протокол управления моделью)

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

Функции

  • Просмотр и конвертация файлов SAM/BAM/CRAM
  • Сортировать файлы выравнивания
  • Индекс файлов BAM/CRAM
  • Генерировать статистику
  • Объединить несколько файлов BAM
  • Рассчитать глубину чтения
  • Индекс файлов FASTA
  • И многое другое...

Основные возможности

  • Поддержка форматов файлов : обработка файлов выравнивания SAM (текстовых), BAM (двоичных) и CRAM (сжатых)
  • Преобразование форматов : легкое преобразование между форматами SAM, BAM и CRAM.
  • Анализ конкретных областей : извлечение и анализ определенных областей генома.
  • Фильтрация на основе флагов : фильтрация считываний на основе флагов SAM
  • Оптимизация производительности : многопоточные операции сортировки и слияния
  • Статистический анализ : создание комплексной статистики выравнивания

Обзор инструментов

ИнструментОписаниеОсновные характеристики
viewПросмотр и конвертация файлов выравнивания- Преобразование форматов (SAM/BAM/CRAM)- Фильтрация регионов- Фильтрация на основе флагов- Манипулирование заголовками
sortСортировать файлы выравнивания- Сортировка на основе координат- Сортировка на основе имен- Управление памятью на поток- Поддержка многопоточности
indexИндекс файлов BAM/CRAM- Генерация индекса BAI- Поддержка индекса CSI- Создание индекса CRAM
mergeОбъединение нескольких файлов BAM/CRAM- Объединение нескольких файлов. - Обработка с поддержкой потоков. - Согласование заголовков.
depthРассчитать глубину чтения- Расчет глубины для каждой базы - Анализ, специфичный для региона - Поддержка нескольких файлов
flagstatГенерация статистики выравнивания- Комплексная статистика флагов - Проверки качества - Метрики парных концов
idxstatsСтатистика индекса BAM/CRAM- Статистика референтной последовательности - Количество сопоставленных/несопоставленных последовательностей - Информация о длине
faidxИндекс файлов FASTA- Индексация FASTA- Извлечение регионов- Извлечение последовательностей

Установка

Использование Docker (рекомендуется)

Самый простой способ использовать SAMtools MCP — через Docker:

# Pull the Docker image docker pull nadhir/samtools-mcp:latest # Run the container docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest # To process BAM files, mount a volume: docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Локальная установка

  1. Клонируйте репозиторий:
git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git cd samtools_mcp
  1. Установить зависимости:
pip install uv uv pip install -r requirements.txt

Конфигурация

Конфигурация сервера MCP

Чтобы настроить сервер MCP для использования образа Docker, добавьте в файл конфигурации MCP следующее:

{ "servers": { "samtools": { "type": "docker", "image": "nadhir/samtools-mcp:latest", "volumes": [ { "source": "/path/to/your/data", "target": "/data" } ] } } }

Локальная конфигурация MCP

Чтобы настроить MCP для работы с использованием uv , добавьте следующее в ваш ~/.cursor/mcp.json :

{ "samtools_mcp": { "command": "uv", "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"] } }

Замените /path/to/samtools_mcp.py на фактический путь к вашему файлу samtools_mcp.py .

Использование

Основные команды

  1. Просмотреть BAM-файл:
from samtools_mcp import SamtoolsMCP mcp = SamtoolsMCP() result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")
  1. Сортировать BAM-файл:
result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")
  1. Индексный BAM-файл:
result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Расширенное использование

  1. Просмотр конкретного региона с флагами:
result = mcp.view( input_file="/data/example.bam", region="chr1:1000-2000", flags_required="0x2", output_format="SAM" )
  1. Сортировать по названию прочитанного:
result = mcp.sort( input_file="/data/example.bam", output_file="/data/namesorted.bam", sort_by_name=True )
  1. Рассчитать глубину с несколькими входными файлами:
result = mcp.depth( input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"], region="chr1:1-1000000" )

Внося вклад

Вклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.

Лицензия

Данный проект лицензирован по лицензии MIT — подробности см. в файле LICENSE.

This server cannot be installed

-
security - not tested
F
license - not found
-
quality - not tested

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.

  1. Функции
    1. Основные возможности
    2. Обзор инструментов
  2. Установка
    1. Использование Docker (рекомендуется)
    2. Локальная установка
  3. Конфигурация
    1. Конфигурация сервера MCP
    2. Локальная конфигурация MCP
  4. Использование
    1. Основные команды
    2. Расширенное использование
  5. Внося вклад
    1. Лицензия

      Related MCP Servers

      • MCP ABAP ADT

        mario-andreschak
        A
        security
        A
        license
        A
        quality
        A server that bridges the Model Context Protocol (MCP) with SAP ABAP systems, allowing tools like Cline to retrieve ABAP source code, table structures, and other development artifacts.
        Last updated -
        13
        5
        TypeScript
        MIT License
        • Apple
        • Linux

      • Filesystem MCP Server

        bsmi021
        -
        security
        A
        license
        -
        quality
        A Model Context Protocol server that provides file system operations, analysis, and manipulation capabilities through a standardized tool interface.
        Last updated -
        1
        TypeScript
        MIT License

      • Semgrep MCP Serverofficial

        semgrep
        A
        security
        A
        license
        A
        quality
        An MCP server that provides a comprehensive interface to Semgrep, enabling users to scan code for security vulnerabilities, create custom rules, and analyze scan results through the Model Context Protocol.
        Last updated -
        6
        169
        Python
        MIT License
        • Linux
        • Apple

      • SouthAsia MCP Tool

        igs-pochenkuo
        A
        security
        F
        license
        A
        quality
        A template for building tools based on the Model Control Protocol (MCP) framework, providing a structured way to develop and integrate custom tools with Cursor.
        Last updated -
        2
        Python

      View all related MCP servers

      Appeared in Searches

      New MCP Servers

      MCP directory API

      We provide all the information about MCP servers via our MCP API.

      curl -X GET 'https://glama.ai/api/mcp/v1/servers/sirusb/samtools_mcp'

      If you have feedback or need assistance with the MCP directory API, please join our Discord server