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SAMtools MCP (Protocolo de control de modelos)

Una implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.

Características

  • Ver y convertir archivos SAM/BAM/CRAM
  • Ordenar archivos de alineación
  • Índice de archivos BAM/CRAM
  • Generar estadísticas
  • Fusionar varios archivos BAM
  • Calcular la profundidad de lectura
  • Índice de archivos FASTA
  • Y más...

Capacidades principales

  • Compatibilidad con formatos de archivo : maneja archivos de alineación SAM (texto), BAM (binario) y CRAM (comprimidos)
  • Conversión de formato : Convierte entre formatos SAM, BAM y CRAM sin problemas
  • Análisis específico de la región : extraiga y analice regiones genómicas específicas
  • Filtrado basado en indicadores : filtra las lecturas según los indicadores SAM
  • Optimización del rendimiento : operaciones multiproceso para ordenar y fusionar
  • Análisis estadístico : genere estadísticas de alineación completas

Descripción general de las herramientas

HerramientaDescripciónCaracterísticas principales
viewVer y convertir archivos de alineación- Conversión de formato (SAM/BAM/CRAM)- Filtrado de regiones- Filtrado basado en indicadores- Manipulación de encabezados
sortOrdenar archivos de alineación- Ordenación basada en coordenadas- Ordenación basada en nombres- Control de memoria por subproceso- Compatibilidad con múltiples subprocesos
indexÍndice de archivos BAM/CRAM- Generación de índices BAI- Compatibilidad con índices CSI- Creación de índices CRAM
mergeFusionar varios archivos BAM/CRAM- Fusión de múltiples archivos - Procesamiento habilitado para subprocesos - Conciliación de encabezados
depthCalcular la profundidad de lectura- Cálculo de profundidad por base- Análisis específico de la región- Compatibilidad con múltiples archivos
flagstatGenerar estadísticas de alineación- Estadísticas completas de banderas- Controles de calidad- Métricas de pares
idxstatsEstadísticas del índice BAM/CRAM- Estadísticas de secuencia de referencia - Recuentos mapeados/no mapeados - Información de longitud
faidxÍndice de archivos FASTA- Indexación FASTA - Extracción de regiones - Recuperación de secuencias

Instalación

Uso de Docker (recomendado)

La forma más sencilla de utilizar SAMtools MCP es a través de Docker:

# Pull the Docker image docker pull nadhir/samtools-mcp:latest # Run the container docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest # To process BAM files, mount a volume: docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Instalación local

  1. Clonar el repositorio:
git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git cd samtools_mcp
  1. Instalar dependencias:
pip install uv uv pip install -r requirements.txt

Configuración

Configuración del servidor MCP

Para configurar el servidor MCP para usar la imagen de Docker, agregue lo siguiente a su archivo de configuración de MCP:

{ "servers": { "samtools": { "type": "docker", "image": "nadhir/samtools-mcp:latest", "volumes": [ { "source": "/path/to/your/data", "target": "/data" } ] } } }

Configuración de MCP local

Para configurar el MCP para que se ejecute usando uv , agregue lo siguiente a su ~/.cursor/mcp.json :

{ "samtools_mcp": { "command": "uv", "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"] } }

Reemplace /path/to/samtools_mcp.py con la ruta real a su archivo samtools_mcp.py .

Uso

Comandos básicos

  1. Ver archivo BAM:
from samtools_mcp import SamtoolsMCP mcp = SamtoolsMCP() result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")
  1. Ordenar archivo BAM:
result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")
  1. Índice del archivo BAM:
result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Uso avanzado

  1. Ver región específica con banderas:
result = mcp.view( input_file="/data/example.bam", region="chr1:1000-2000", flags_required="0x2", output_format="SAM" )
  1. Ordenar por nombre de lectura:
result = mcp.sort( input_file="/data/example.bam", output_file="/data/namesorted.bam", sort_by_name=True )
  1. Calcular profundidad con múltiples archivos de entrada:
result = mcp.depth( input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"], region="chr1:1-1000000" )

Contribuyendo

¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT: consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.

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How are these scores calculated?

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Una implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.

  1. Características
    1. Capacidades principales
    2. Descripción general de las herramientas
  2. Instalación
    1. Uso de Docker (recomendado)
    2. Instalación local
  3. Configuración
    1. Configuración del servidor MCP
    2. Configuración de MCP local
  4. Uso
    1. Comandos básicos
    2. Uso avanzado
  5. Contribuyendo
    1. Licencia

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