SAMtools MCP (Protocolo de control de modelos)

Una implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.

Características

Ver y convertir archivos SAM/BAM/CRAM
Ordenar archivos de alineación
Índice de archivos BAM/CRAM
Generar estadísticas
Fusionar varios archivos BAM
Calcular la profundidad de lectura
Índice de archivos FASTA
Y más...

Capacidades principales

Compatibilidad con formatos de archivo : maneja archivos de alineación SAM (texto), BAM (binario) y CRAM (comprimidos)
Conversión de formato : Convierte entre formatos SAM, BAM y CRAM sin problemas
Análisis específico de la región : extraiga y analice regiones genómicas específicas
Filtrado basado en indicadores : filtra las lecturas según los indicadores SAM
Optimización del rendimiento : operaciones multiproceso para ordenar y fusionar
Análisis estadístico : genere estadísticas de alineación completas

Descripción general de las herramientas

Herramienta	Descripción	Características principales
`view`	Ver y convertir archivos de alineación	- Conversión de formato (SAM/BAM/CRAM)- Filtrado de regiones- Filtrado basado en indicadores- Manipulación de encabezados
`sort`	Ordenar archivos de alineación	- Ordenación basada en coordenadas- Ordenación basada en nombres- Control de memoria por subproceso- Compatibilidad con múltiples subprocesos
`index`	Índice de archivos BAM/CRAM	- Generación de índices BAI- Compatibilidad con índices CSI- Creación de índices CRAM
`merge`	Fusionar varios archivos BAM/CRAM	- Fusión de múltiples archivos - Procesamiento habilitado para subprocesos - Conciliación de encabezados
`depth`	Calcular la profundidad de lectura	- Cálculo de profundidad por base- Análisis específico de la región- Compatibilidad con múltiples archivos
`flagstat`	Generar estadísticas de alineación	- Estadísticas completas de banderas- Controles de calidad- Métricas de pares
`idxstats`	Estadísticas del índice BAM/CRAM	- Estadísticas de secuencia de referencia - Recuentos mapeados/no mapeados - Información de longitud
`faidx`	Índice de archivos FASTA	- Indexación FASTA - Extracción de regiones - Recuperación de secuencias

Instalación

Uso de Docker (recomendado)

La forma más sencilla de utilizar SAMtools MCP es a través de Docker:

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Instalación local

Clonar el repositorio:

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp

Instalar dependencias:

pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

Configuración

Configuración del servidor MCP

Para configurar el servidor MCP para usar la imagen de Docker, agregue lo siguiente a su archivo de configuración de MCP:

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

Configuración de MCP local

Para configurar el MCP para que se ejecute usando uv , agregue lo siguiente a su ~/.cursor/mcp.json :

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

Reemplace /path/to/samtools_mcp.py con la ruta real a su archivo samtools_mcp.py .

Uso

Comandos básicos

Ver archivo BAM:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

Ordenar archivo BAM:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

Índice del archivo BAM:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Uso avanzado

Ver región específica con banderas:

result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)

Ordenar por nombre de lectura:

result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)

Calcular profundidad con múltiples archivos de entrada:

result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

Contribuyendo

¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.

Licencia

Este proyecto está licenciado bajo la licencia MIT: consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.

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