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samtools_mcp

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SAMtools MCP (Modellkontrollprotokoll)

Eine Model Control Protocol-Implementierung für SAMtools, die eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-Dateien bietet.

Merkmale

  • Anzeigen und Konvertieren von SAM/BAM/CRAM-Dateien
  • Alignment-Dateien sortieren
  • BAM/CRAM-Dateien indizieren
  • Statistiken erstellen
  • Mehrere BAM-Dateien zusammenführen
  • Lesetiefe berechnen
  • Indexieren Sie FASTA-Dateien
  • Und mehr...

Kernkompetenzen

  • Dateiformatunterstützung : Verarbeitung von SAM- (Text), BAM- (Binär) und CRAM- (komprimierten) Ausrichtungsdateien
  • Formatkonvertierung : Nahtlose Konvertierung zwischen den Formaten SAM, BAM und CRAM
  • Regionsspezifische Analyse : Extrahieren und analysieren Sie bestimmte Genomregionen
  • Flag-basiertes Filtern : Filtern Sie Lesevorgänge basierend auf SAM-Flags
  • Leistungsoptimierung : Multithread-Operationen zum Sortieren und Zusammenführen
  • Statistische Analyse : Erstellen Sie umfassende Ausrichtungsstatistiken

Werkzeugübersicht

WerkzeugBeschreibungHauptmerkmale
viewAnzeigen und Konvertieren von Ausrichtungsdateien- Formatkonvertierung (SAM/BAM/CRAM) - Regionsfilterung - Flag-basierte Filterung - Header-Manipulation
sortAlignment-Dateien sortieren- Koordinatenbasierte Sortierung - Namensbasierte Sortierung - Speicher pro Thread-Steuerung - Multithreading-Unterstützung
indexBAM/CRAM-Dateien indizieren- BAI-Indexgenerierung - CSI-Indexunterstützung - CRAM-Indexerstellung
mergeMehrere BAM/CRAM-Dateien zusammenführen- Zusammenführen mehrerer Dateien - Thread-fähige Verarbeitung - Header-Abgleich
depthLesetiefe berechnen- Tiefenberechnung pro Basis - Regionsspezifische Analyse - Unterstützung mehrerer Dateien
flagstatGenerieren von Ausrichtungsstatistiken- Umfassende Flaggenstatistiken - Qualitätsprüfungen - Paired-End-Metriken
idxstatsBAM/CRAM-Indexstatistiken- Referenzsequenzstatistiken - Zugeordnete/nicht zugeordnete Zählungen - Längeninformationen
faidxIndexieren Sie FASTA-Dateien- FASTA-Indizierung - Regionsextraktion - Sequenzabruf

Installation

Docker verwenden (empfohlen)

Der einfachste Weg, SAMtools MCP zu verwenden, ist über Docker:

# Pull the Docker image docker pull nadhir/samtools-mcp:latest # Run the container docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest # To process BAM files, mount a volume: docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

Lokale Installation

  1. Klonen Sie das Repository:
git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git cd samtools_mcp
  1. Installieren Sie Abhängigkeiten:
pip install uv uv pip install -r requirements.txt

Konfiguration

MCP-Serverkonfiguration

Um den MCP-Server für die Verwendung des Docker-Images zu konfigurieren, fügen Sie Ihrer MCP-Konfigurationsdatei Folgendes hinzu:

{ "servers": { "samtools": { "type": "docker", "image": "nadhir/samtools-mcp:latest", "volumes": [ { "source": "/path/to/your/data", "target": "/data" } ] } } }

Lokale MCP-Konfiguration

Um MCP für die Ausführung mit uv zu konfigurieren, fügen Sie Folgendes zu Ihrer ~/.cursor/mcp.json hinzu:

{ "samtools_mcp": { "command": "uv", "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"] } }

Ersetzen Sie /path/to/samtools_mcp.py durch den tatsächlichen Pfad zu Ihrer Datei samtools_mcp.py .

Verwendung

Grundlegende Befehle

  1. BAM-Datei anzeigen:
from samtools_mcp import SamtoolsMCP mcp = SamtoolsMCP() result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")
  1. BAM-Datei sortieren:
result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")
  1. BAM-Datei indizieren:
result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

Erweiterte Nutzung

  1. Bestimmte Regionen mit Flaggen anzeigen:
result = mcp.view( input_file="/data/example.bam", region="chr1:1000-2000", flags_required="0x2", output_format="SAM" )
  1. Nach gelesenem Namen sortieren:
result = mcp.sort( input_file="/data/example.bam", output_file="/data/namesorted.bam", sort_by_name=True )
  1. Berechnen Sie die Tiefe mit mehreren Eingabedateien:
result = mcp.depth( input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"], region="chr1:1-1000000" )

Beitragen

Beiträge sind willkommen! Senden Sie gerne einen Pull Request.

Lizenz

Dieses Projekt ist unter der MIT-Lizenz lizenziert – Einzelheiten finden Sie in der Datei LICENSE.

This server cannot be installed

-
security - not tested
F
license - not found
-
quality - not tested

hybrid server

The server is able to function both locally and remotely, depending on the configuration or use case.

Eine Model Control Protocol-Implementierung für SAMtools, die eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-Dateien bietet.

  1. Merkmale
    1. Kernkompetenzen
    2. Werkzeugübersicht
  2. Installation
    1. Docker verwenden (empfohlen)
    2. Lokale Installation
  3. Konfiguration
    1. MCP-Serverkonfiguration
    2. Lokale MCP-Konfiguration
  4. Verwendung
    1. Grundlegende Befehle
    2. Erweiterte Nutzung
  5. Beitragen
    1. Lizenz

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