SAMtools MCP（モデル制御プロトコル）

SAMtools のモデル制御プロトコル実装。SAM/BAM/CRAM ファイルを操作するための標準化されたインターフェースを提供します。

特徴

SAM/BAM/CRAM ファイルの表示と変換
アライメントファイルの並べ替え
BAM/CRAM ファイルのインデックス
統計を生成する
複数のBAMファイルを結合する
読み取り深度を計算する
FASTAファイルのインデックス
さらに…

コア機能

ファイル形式のサポート: SAM (テキスト)、BAM (バイナリ)、CRAM (圧縮) アライメントファイルを処理します。
フォーマット変換: SAM、BAM、CRAM フォーマット間でシームレスに変換
領域特異的解析：特定のゲノム領域を抽出して解析する
フラグベースのフィルタリング: SAMフラグに基づいて読み取りをフィルタリングする
パフォーマンスの最適化: ソートとマージのマルチスレッド操作
統計分析：包括的なアライメント統計を生成する

ツールの概要

道具	説明	主な特徴
`view`	アライメントファイルの表示と変換	- フォーマット変換（SAM/BAM/CRAM）- 領域フィルタリング- フラグベースのフィルタリング- ヘッダー操作
`sort`	アライメントファイルの並べ替え	- 座標ベースのソート - 名前ベースのソート - スレッドごとのメモリ制御 - マルチスレッドのサポート
`index`	BAM/CRAM ファイルのインデックス	- BAIインデックス生成 - CSIインデックスサポート - CRAMインデックス作成
`merge`	複数のBAM/CRAMファイルを結合する	- 複数ファイルのマージ - スレッド対応処理 - ヘッダー調整
`depth`	読み取り深度を計算する	- 塩基ごとの深度計算 - 領域固有の分析 - 複数ファイルのサポート
`flagstat`	アライメント統計を生成する	- 包括的なフラグ統計 - 品質チェック - ペアエンドメトリクス
`idxstats`	BAM/CRAM インデックス統計	- 参照配列統計 - マップ/非マップ数 - 長さ情報
`faidx`	FASTAファイルのインデックス	- FASTAインデックス作成 - 領域抽出 - 配列検索

インストール

Dockerの使用（推奨）

SAMtools MCP を使用する最も簡単な方法は、Docker を使用することです。

# Pull the Docker image
docker pull nadhir/samtools-mcp:latest

# Run the container
docker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest

# To process BAM files, mount a volume:
docker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest

ローカルインストール

リポジトリをクローンします。

git clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git
cd samtools_mcp

依存関係をインストールします:

pip install uv
uv pip install -r requirements.txt

構成

MCP サーバーの構成

Docker イメージを使用するように MCP サーバーを構成するには、MCP 構成ファイルに次のコードを追加します。

{
  "servers": {
    "samtools": {
      "type": "docker",
      "image": "nadhir/samtools-mcp:latest",
      "volumes": [
        {
          "source": "/path/to/your/data",
          "target": "/data"
        }
      ]
    }
  }
}

ローカル MCP 構成

uvを使用して MCP を実行するように設定するには、 ~/.cursor/mcp.jsonに以下を追加します。

{
  "samtools_mcp": {
    "command": "uv",
    "args": ["run", "--with", "fastmcp", "fastmcp", "run", "/path/to/samtools_mcp.py"]
  }
}

/path/to/samtools_mcp.py 、 samtools_mcp.pyファイルへの実際のパスに置き換えます。

使用法

基本コマンド

BAM ファイルを表示:

from samtools_mcp import SamtoolsMCP

mcp = SamtoolsMCP()
result = mcp.view(input_file="/data/example.bam")

BAM ファイルを並べ替える:

result = mcp.sort(input_file="/data/example.bam", output_file="/data/sorted.bam")

インデックス BAM ファイル:

result = mcp.index(input_file="/data/sorted.bam")

高度な使用法

フラグ付きの特定の地域を表示します:

result = mcp.view(
    input_file="/data/example.bam",
    region="chr1:1000-2000",
    flags_required="0x2",
    output_format="SAM"
)

読み取った名前で並べ替え:

result = mcp.sort(
    input_file="/data/example.bam",
    output_file="/data/namesorted.bam",
    sort_by_name=True
)

複数の入力ファイルで深度を計算します。

result = mcp.depth(
    input_files=["/data/sample1.bam", "/data/sample2.bam"],
    region="chr1:1-1000000"
)

貢献

貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。

ライセンス

このプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています - 詳細については LICENSE ファイルを参照してください。

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