[{"_1":2,"_358":-5,"_359":-5},"loaderData",{"_3":4,"_22":23,"_260":261},"root",{"_5":6,"_7":8},"toasts",[],"visitor",{"_9":10,"_11":12},"viewportWidth",1280,"visitorSession",{"_13":14,"_16":17,"_18":-5,"_19":20,"_21":-5},"attributes",[15],"bot","id",17216360,"membership","referenceId","01999741-5648-746d-aa76-377bfd37ef27","userAccount","routes/_public/mcp/servers/~namespace/~slug/_pages/_layout",{"_24":25,"_77":-5,"_78":38,"_27":79,"_176":177,"_259":163},"availableLocales",[26,38,45,52,58,65,71],{"_27":28,"_31":35,"_36":37},"mcpServer",{"_29":30,"_31":32,"_33":34},"description","Eine Model Control Protocol-Implementierung für SAMtools, die eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-Dateien bietet.","name","samtools\\_mcp","readme","[![MseeP.ai-Sicherheitsbewertungsabzeichen](https://mseep.net/pr/sirusb-samtools-mcp-badge.png)](https://mseep.ai/app/sirusb-samtools-mcp)\n\n# SAMtools MCP (Modellkontrollprotokoll)\n\nEine Model Control Protocol-Implementierung für SAMtools, die eine standardisierte Schnittstelle für die Arbeit mit SAM/BAM/CRAM-Dateien bietet.\n\n## Merkmale\n\n* Anzeigen und Konvertieren von SAM/BAM/CRAM-Dateien\n* Alignment-Dateien sortieren\n* BAM/CRAM-Dateien indizieren\n* Statistiken erstellen\n* Mehrere BAM-Dateien zusammenführen\n* Lesetiefe berechnen\n* Indexieren Sie FASTA-Dateien\n* Und mehr...\n\n### Kernkompetenzen\n\n* **Dateiformatunterstützung** : Verarbeitung von SAM- (Text), BAM- (Binär) und CRAM- (komprimierten) Ausrichtungsdateien\n* **Formatkonvertierung** : Nahtlose Konvertierung zwischen den Formaten SAM, BAM und CRAM\n* **Regionsspezifische Analyse** : Extrahieren und analysieren Sie bestimmte Genomregionen\n* **Flag-basiertes Filtern** : Filtern Sie Lesevorgänge basierend auf SAM-Flags\n* **Leistungsoptimierung** : Multithread-Operationen zum Sortieren und Zusammenführen\n* **Statistische Analyse** : Erstellen Sie umfassende Ausrichtungsstatistiken\n\n### Werkzeugübersicht\n\n| Werkzeug | Beschreibung | Hauptmerkmale |\n| ---------- | ------------------------------------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |\n| `view` | Anzeigen und Konvertieren von Ausrichtungsdateien | - Formatkonvertierung (SAM/BAM/CRAM) - Regionsfilterung - Flag-basierte Filterung - Header-Manipulation |\n| `sort` | Alignment-Dateien sortieren | - Koordinatenbasierte Sortierung - Namensbasierte Sortierung - Speicher pro Thread-Steuerung - Multithreading-Unterstützung |\n| `index` | BAM/CRAM-Dateien indizieren | - BAI-Indexgenerierung - CSI-Indexunterstützung - CRAM-Indexerstellung |\n| `merge` | Mehrere BAM/CRAM-Dateien zusammenführen | - Zusammenführen mehrerer Dateien - Thread-fähige Verarbeitung - Header-Abgleich |\n| `depth` | Lesetiefe berechnen | - Tiefenberechnung pro Basis - Regionsspezifische Analyse - Unterstützung mehrerer Dateien |\n| `flagstat` | Generieren von Ausrichtungsstatistiken | - Umfassende Flaggenstatistiken - Qualitätsprüfungen - Paired-End-Metriken |\n| `idxstats` | BAM/CRAM-Indexstatistiken | - Referenzsequenzstatistiken - Zugeordnete/nicht zugeordnete Zählungen - Längeninformationen |\n| `faidx` | Indexieren Sie FASTA-Dateien | - FASTA-Indizierung - Regionsextraktion - Sequenzabruf |\n\n## Installation\n\n### Docker verwenden (empfohlen)\n\nDer einfachste Weg, SAMtools MCP zu verwenden, ist über Docker:\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### Lokale Installation\n\n1. Klonen Sie das Repository:\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. Installieren Sie Abhängigkeiten:\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## Konfiguration\n\n### MCP-Serverkonfiguration\n\nUm den MCP-Server für die Verwendung des Docker-Images zu konfigurieren, fügen Sie Ihrer MCP-Konfigurationsdatei Folgendes hinzu:\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### Lokale MCP-Konfiguration\n\nUm MCP für die Ausführung mit `uv` zu konfigurieren, fügen Sie Folgendes zu Ihrer `~/.cursor/mcp.json` hinzu:\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\nErsetzen Sie `/path/to/samtools_mcp.py` durch den tatsächlichen Pfad zu Ihrer Datei `samtools_mcp.py` .\n\n## Verwendung\n\n### Grundlegende Befehle\n\n1. BAM-Datei anzeigen:\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. BAM-Datei sortieren:\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. BAM-Datei indizieren:\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### Erweiterte Nutzung\n\n1. Bestimmte Regionen mit Flaggen anzeigen:\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. Nach gelesenem Namen sortieren:\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. Berechnen Sie die Tiefe mit mehreren Eingabedateien:\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## Beitragen\n\nBeiträge sind willkommen! Senden Sie gerne einen Pull Request.\n\n## Lizenz\n\nDieses Projekt ist unter der MIT-Lizenz lizenziert – Einzelheiten finden Sie in der Datei LICENSE.","German","tag","de-DE",{"_27":39,"_31":43,"_36":44},{"_29":40,"_31":41,"_33":42},"A Model Control Protocol implementation for SAMtools, providing a standardized interface for working with SAM/BAM/CRAM files.","samtools_mcp","[![MseeP.ai Security Assessment Badge](https://mseep.net/pr/sirusb-samtools-mcp-badge.png)](https://mseep.ai/app/sirusb-samtools-mcp)\n\n# SAMtools MCP (Model Control Protocol)\n\nA Model Control Protocol implementation for SAMtools, providing a standardized interface for working with SAM/BAM/CRAM files.\n\n## Features\n\n- View and convert SAM/BAM/CRAM files\n- Sort alignment files\n- Index BAM/CRAM files\n- Generate statistics\n- Merge multiple BAM files\n- Calculate read depth\n- Index FASTA files\n- And more...\n\n### Core Capabilities\n- **File Format Support**: Handle SAM (text), BAM (binary), and CRAM (compressed) alignment files\n- **Format Conversion**: Convert between SAM, BAM, and CRAM formats seamlessly\n- **Region-Specific Analysis**: Extract and analyze specific genomic regions\n- **Flag-Based Filtering**: Filter reads based on SAM flags\n- **Performance Optimization**: Multi-threaded operations for sorting and merging\n- **Statistical Analysis**: Generate comprehensive alignment statistics\n\n### Tools Overview\n\n| Tool | Description | Key Features |\n|------|-------------|--------------|\n| `view` | View and convert alignment files | - Format conversion (SAM/BAM/CRAM)
- Region filtering
- Flag-based filtering
- Header manipulation |\n| `sort` | Sort alignment files | - Coordinate-based sorting
- Name-based sorting
- Memory per thread control
- Multi-threading support |\n| `index` | Index BAM/CRAM files | - BAI index generation
- CSI index support
- CRAM index creation |\n| `merge` | Merge multiple BAM/CRAM files | - Multi-file merging
- Thread-enabled processing
- Header reconciliation |\n| `depth` | Calculate read depth | - Per-base depth calculation
- Region-specific analysis
- Multi-file support |\n| `flagstat` | Generate alignment statistics | - Comprehensive flag statistics
- Quality checks
- Paired-end metrics |\n| `idxstats` | BAM/CRAM index statistics | - Reference sequence stats
- Mapped/unmapped counts
- Length information |\n| `faidx` | Index FASTA files | - FASTA indexing
- Region extraction
- Sequence retrieval |\n\n\n## Installation\n\n### Using Docker (Recommended)\n\nThe easiest way to use SAMtools MCP is through Docker:\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### Local Installation\n\n1. Clone the repository:\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. Install dependencies:\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## Configuration\n\n### MCP Server Configuration\n\nTo configure the MCP server to use the Docker image, add the following to your MCP configuration file:\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### Local MCP Configuration\n\nTo configure the MCP to run using `uv`, add the following to your `~/.cursor/mcp.json`:\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\nReplace `/path/to/samtools_mcp.py` with the actual path to your `samtools_mcp.py` file.\n\n## Usage\n\n### Basic Commands\n\n1. View BAM file:\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. Sort BAM file:\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. Index BAM file:\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### Advanced Usage\n\n1. View specific region with flags:\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. Sort by read name:\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. Calculate depth with multiple input files:\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## Contributing\n\nContributions are welcome! Please feel free to submit a Pull Request.\n\n## License\n\nThis project is licensed under the MIT License - see the LICENSE file for details.","English","en-US",{"_27":46,"_31":50,"_36":51},{"_29":47,"_31":48,"_33":49},"Una implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.","herramientas\\_mcp","# SAMtools MCP (Protocolo de control de modelos)\n\nUna implementación del Protocolo de Control de Modelos para SAMtools, que proporciona una interfaz estandarizada para trabajar con archivos SAM/BAM/CRAM.\n\n## Características\n\n* Ver y convertir archivos SAM/BAM/CRAM\n* Ordenar archivos de alineación\n* Índice de archivos BAM/CRAM\n* Generar estadísticas\n* Fusionar varios archivos BAM\n* Calcular la profundidad de lectura\n* Índice de archivos FASTA\n* Y más...\n\n### Capacidades principales\n\n* **Compatibilidad con formatos de archivo** : maneja archivos de alineación SAM (texto), BAM (binario) y CRAM (comprimidos)\n* **Conversión de formato** : Convierte entre formatos SAM, BAM y CRAM sin problemas\n* **Análisis específico de la región** : extraiga y analice regiones genómicas específicas\n* **Filtrado basado en indicadores** : filtra las lecturas según los indicadores SAM\n* **Optimización del rendimiento** : operaciones multiproceso para ordenar y fusionar\n* **Análisis estadístico** : genere estadísticas de alineación completas\n\n### Descripción general de las herramientas\n\n| Herramienta | Descripción | Características principales |\n| ----------- | -------------------------------------- | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |\n| `view` | Ver y convertir archivos de alineación | - Conversión de formato (SAM/BAM/CRAM)- Filtrado de regiones- Filtrado basado en indicadores- Manipulación de encabezados |\n| `sort` | Ordenar archivos de alineación | - Ordenación basada en coordenadas- Ordenación basada en nombres- Control de memoria por subproceso- Compatibilidad con múltiples subprocesos |\n| `index` | Índice de archivos BAM/CRAM | - Generación de índices BAI- Compatibilidad con índices CSI- Creación de índices CRAM |\n| `merge` | Fusionar varios archivos BAM/CRAM | - Fusión de múltiples archivos - Procesamiento habilitado para subprocesos - Conciliación de encabezados |\n| `depth` | Calcular la profundidad de lectura | - Cálculo de profundidad por base- Análisis específico de la región- Compatibilidad con múltiples archivos |\n| `flagstat` | Generar estadísticas de alineación | - Estadísticas completas de banderas- Controles de calidad- Métricas de pares |\n| `idxstats` | Estadísticas del índice BAM/CRAM | - Estadísticas de secuencia de referencia - Recuentos mapeados/no mapeados - Información de longitud |\n| `faidx` | Índice de archivos FASTA | - Indexación FASTA - Extracción de regiones - Recuperación de secuencias |\n\n## Instalación\n\n### Uso de Docker (recomendado)\n\nLa forma más sencilla de utilizar SAMtools MCP es a través de Docker:\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### Instalación local\n\n1. Clonar el repositorio:\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. Instalar dependencias:\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## Configuración\n\n### Configuración del servidor MCP\n\nPara configurar el servidor MCP para usar la imagen de Docker, agregue lo siguiente a su archivo de configuración de MCP:\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### Configuración de MCP local\n\nPara configurar el MCP para que se ejecute usando `uv` , agregue lo siguiente a su `~/.cursor/mcp.json` :\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\nReemplace `/path/to/samtools_mcp.py` con la ruta real a su archivo `samtools_mcp.py` .\n\n## Uso\n\n### Comandos básicos\n\n1. Ver archivo BAM:\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. Ordenar archivo BAM:\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. Índice del archivo BAM:\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### Uso avanzado\n\n1. Ver región específica con banderas:\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. Ordenar por nombre de lectura:\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. Calcular profundidad con múltiples archivos de entrada:\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## Contribuyendo\n\n¡Agradecemos sus contribuciones! No dude en enviar una solicitud de incorporación de cambios.\n\n## Licencia\n\nEste proyecto está licenciado bajo la licencia MIT: consulte el archivo de LICENCIA para obtener más detalles.","Spanish","es-ES",{"_27":53,"_31":56,"_36":57},{"_29":54,"_31":32,"_33":55},"SAMtools のモデル制御プロトコル実装。SAM/BAM/CRAM ファイルを操作するための標準化されたインターフェースを提供します。","# SAMtools MCP（モデル制御プロトコル）\n\nSAMtools のモデル制御プロトコル実装。SAM/BAM/CRAM ファイルを操作するための標準化されたインターフェースを提供します。\n\n## 特徴\n\n* SAM/BAM/CRAM ファイルの表示と変換\n* アライメントファイルの並べ替え\n* BAM/CRAM ファイルのインデックス\n* 統計を生成する\n* 複数のBAMファイルを結合する\n* 読み取り深度を計算する\n* FASTAファイルのインデックス\n* さらに…\n\n### コア機能\n\n* **ファイル形式のサポート**: SAM (テキスト)、BAM (バイナリ)、CRAM (圧縮) アライメントファイルを処理します。\n* **フォーマット変換**: SAM、BAM、CRAM フォーマット間でシームレスに変換\n* **領域特異的解析**：特定のゲノム領域を抽出して解析する\n* **フラグベースのフィルタリング**: SAMフラグに基づいて読み取りをフィルタリングする\n* **パフォーマンスの最適化**: ソートとマージのマルチスレッド操作\n* **統計分析**：包括的なアライメント統計を生成する\n\n### ツールの概要\n\n| 道具 | 説明 | 主な特徴 |\n| ---------- | -------------------- | ----------------------------------------------------------- |\n| `view` | アライメントファイルの表示と変換 | - フォーマット変換（SAM/BAM/CRAM）- 領域フィルタリング- フラグベースのフィルタリング- ヘッダー操作 |\n| `sort` | アライメントファイルの並べ替え | - 座標ベースのソート - 名前ベースのソート - スレッドごとのメモリ制御 - マルチスレッドのサポート |\n| `index` | BAM/CRAM ファイルのインデックス | - BAIインデックス生成 - CSIインデックスサポート - CRAMインデックス作成 |\n| `merge` | 複数のBAM/CRAMファイルを結合する | - 複数ファイルのマージ - スレッド対応処理 - ヘッダー調整 |\n| `depth` | 読み取り深度を計算する | - 塩基ごとの深度計算 - 領域固有の分析 - 複数ファイルのサポート |\n| `flagstat` | アライメント統計を生成する | - 包括的なフラグ統計 - 品質チェック - ペアエンドメトリクス |\n| `idxstats` | BAM/CRAM インデックス統計 | - 参照配列統計 - マップ/非マップ数 - 長さ情報 |\n| `faidx` | FASTAファイルのインデックス | - FASTAインデックス作成 - 領域抽出 - 配列検索 |\n\n## インストール\n\n### Dockerの使用（推奨）\n\nSAMtools MCP を使用する最も簡単な方法は、Docker を使用することです。\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### ローカルインストール\n\n1. リポジトリをクローンします。\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. 依存関係をインストールします:\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## 構成\n\n### MCP サーバーの構成\n\nDocker イメージを使用するように MCP サーバーを構成するには、MCP 構成ファイルに次のコードを追加します。\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### ローカル MCP 構成\n\n`uv`を使用して MCP を実行するように設定するには、 `~/.cursor/mcp.json`に以下を追加します。\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\n`/path/to/samtools_mcp.py` 、 `samtools_mcp.py`ファイルへの実際のパスに置き換えます。\n\n## 使用法\n\n### 基本コマンド\n\n1. BAM ファイルを表示:\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. BAM ファイルを並べ替える:\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. インデックス BAM ファイル:\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### 高度な使用法\n\n1. フラグ付きの特定の地域を表示します:\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. 読み取った名前で並べ替え:\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. 複数の入力ファイルで深度を計算します。\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## 貢献\n\n貢献を歓迎します！お気軽にプルリクエストを送信してください。\n\n## ライセンス\n\nこのプロジェクトは MIT ライセンスに基づいてライセンスされています - 詳細については LICENSE ファイルを参照してください。","Japanese","ja-JP",{"_27":59,"_31":63,"_36":64},{"_29":60,"_31":61,"_33":62},"SAMtools에 대한 모델 제어 프로토콜 구현으로, SAM/BAM/CRAM 파일 작업을 위한 표준화된 인터페이스를 제공합니다.","샘툴즈\\_mcp","# SAMtools MCP(모델 제어 프로토콜)\n\nSAMtools에 대한 모델 제어 프로토콜 구현으로, SAM/BAM/CRAM 파일 작업을 위한 표준화된 인터페이스를 제공합니다.\n\n## 특징\n\n* SAM/BAM/CRAM 파일 보기 및 변환\n* 정렬 파일 정렬\n* BAM/CRAM 파일 인덱스\n* 통계 생성\n* 여러 BAM 파일 병합\n* 읽기 깊이 계산\n* FASTA 파일 인덱스\n* 그리고 더 많은 것...\n\n### 핵심 역량\n\n* **파일 형식 지원** : SAM(텍스트), BAM(바이너리), CRAM(압축) 정렬 파일 처리\n* **형식 변환** : SAM, BAM 및 CRAM 형식 간을 원활하게 변환합니다.\n* **지역별 분석** : 특정 게놈 지역 추출 및 분석\n* **플래그 기반 필터링** : SAM 플래그를 기반으로 읽기 필터링\n* **성능 최적화** : 정렬 및 병합을 위한 멀티스레드 작업\n* **통계 분석** : 포괄적인 정렬 통계 생성\n\n### 도구 개요\n\n| 도구 | 설명 | 주요 특징 |\n| ---------- | ----------------- | --------------------------------------------------- |\n| `view` | 정렬 파일 보기 및 변환 | - 포맷 변환(SAM/BAM/CRAM) - 지역 필터링 - 플래그 기반 필터링 - 헤더 조작 |\n| `sort` | 정렬 파일 정렬 | - 좌표 기반 정렬 - 이름 기반 정렬 - 스레드당 메모리 제어 - 멀티 스레딩 지원 |\n| `index` | BAM/CRAM 파일 인덱스 | - BAI 지수 생성 - CSI 지수 지원 - CRAM 지수 생성 |\n| `merge` | 여러 BAM/CRAM 파일 병합 | - 다중 파일 병합 - 스레드 지원 처리 - 헤더 조정 |\n| `depth` | 읽기 깊이 계산 | - 베이스별 깊이 계산 - 지역별 분석 - 다중 파일 지원 |\n| `flagstat` | 정렬 통계 생성 | - 포괄적인 플래그 통계 - 품질 검사 - 페어드엔드 메트릭 |\n| `idxstats` | BAM/CRAM 지수 통계 | - 참조 시퀀스 통계 - 매핑/비매핑 카운트 - 길이 정보 |\n| `faidx` | FASTA 파일 인덱스 | - FASTA 인덱싱 - 영역 추출 - 시퀀스 검색 |\n\n## 설치\n\n### Docker 사용(권장)\n\nSAMtools MCP를 사용하는 가장 쉬운 방법은 Docker를 사용하는 것입니다.\n\n지엑스피1\n\n### 로컬 설치\n\n1. 저장소를 복제합니다.\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. 종속성 설치:\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## 구성\n\n### MCP 서버 구성\n\nDocker 이미지를 사용하도록 MCP 서버를 구성하려면 MCP 구성 파일에 다음을 추가하세요.\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### 로컬 MCP 구성\n\n`uv` 사용하여 MCP를 실행하도록 구성하려면 `~/.cursor/mcp.json` 에 다음을 추가합니다.\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\n`/path/to/samtools_mcp.py` `samtools_mcp.py` 파일의 실제 경로로 바꾸세요.\n\n## 용법\n\n### 기본 명령\n\n1. BAM 파일 보기:\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. BAM 파일 정렬:\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. 인덱스 BAM 파일:\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### 고급 사용법\n\n1. 플래그가 있는 특정 지역 보기:\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. 읽은 이름으로 정렬:\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. 여러 입력 파일로 깊이 계산:\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## 기여하다\n\n기여를 환영합니다! 풀 리퀘스트를 제출해 주세요.\n\n## 특허\n\n이 프로젝트는 MIT 라이선스에 따라 라이선스가 부여되었습니다. 자세한 내용은 라이선스 파일을 참조하세요.","Korean","ko-KR",{"_27":66,"_31":69,"_36":70},{"_29":67,"_31":32,"_33":68},"Реализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.","[![Значок оценки безопасности MseeP.ai](https://mseep.net/pr/sirusb-samtools-mcp-badge.png)](https://mseep.ai/app/sirusb-samtools-mcp)\n\n# SAMtools MCP (протокол управления моделью)\n\nРеализация протокола управления моделью для SAMtools, предоставляющая стандартизированный интерфейс для работы с файлами SAM/BAM/CRAM.\n\n## Функции\n\n* Просмотр и конвертация файлов SAM/BAM/CRAM\n* Сортировать файлы выравнивания\n* Индекс файлов BAM/CRAM\n* Генерировать статистику\n* Объединить несколько файлов BAM\n* Рассчитать глубину чтения\n* Индекс файлов FASTA\n* И многое другое...\n\n### Основные возможности\n\n* **Поддержка форматов файлов** : обработка файлов выравнивания SAM (текстовых), BAM (двоичных) и CRAM (сжатых)\n* **Преобразование форматов** : легкое преобразование между форматами SAM, BAM и CRAM.\n* **Анализ конкретных областей** : извлечение и анализ определенных областей генома.\n* **Фильтрация на основе флагов** : фильтрация считываний на основе флагов SAM\n* **Оптимизация производительности** : многопоточные операции сортировки и слияния\n* **Статистический анализ** : создание комплексной статистики выравнивания\n\n### Обзор инструментов\n\n| Инструмент | Описание | Основные характеристики |\n| ---------- | ------------------------------------------ | --------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------- |\n| `view` | Просмотр и конвертация файлов выравнивания | - Преобразование форматов (SAM/BAM/CRAM)- Фильтрация регионов- Фильтрация на основе флагов- Манипулирование заголовками |\n| `sort` | Сортировать файлы выравнивания | - Сортировка на основе координат- Сортировка на основе имен- Управление памятью на поток- Поддержка многопоточности |\n| `index` | Индекс файлов BAM/CRAM | - Генерация индекса BAI- Поддержка индекса CSI- Создание индекса CRAM |\n| `merge` | Объединение нескольких файлов BAM/CRAM | - Объединение нескольких файлов. - Обработка с поддержкой потоков. - Согласование заголовков. |\n| `depth` | Рассчитать глубину чтения | - Расчет глубины для каждой базы - Анализ, специфичный для региона - Поддержка нескольких файлов |\n| `flagstat` | Генерация статистики выравнивания | - Комплексная статистика флагов - Проверки качества - Метрики парных концов |\n| `idxstats` | Статистика индекса BAM/CRAM | - Статистика референтной последовательности - Количество сопоставленных/несопоставленных последовательностей - Информация о длине |\n| `faidx` | Индекс файлов FASTA | - Индексация FASTA- Извлечение регионов- Извлечение последовательностей |\n\n## Установка\n\n### Использование Docker (рекомендуется)\n\nСамый простой способ использовать SAMtools MCP — через Docker:\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### Локальная установка\n\n1. Клонируйте репозиторий:\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. Установить зависимости:\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## Конфигурация\n\n### Конфигурация сервера MCP\n\nЧтобы настроить сервер MCP для использования образа Docker, добавьте в файл конфигурации MCP следующее:\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### Локальная конфигурация MCP\n\nЧтобы настроить MCP для работы с использованием `uv` , добавьте следующее в ваш `~/.cursor/mcp.json` :\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\nЗамените `/path/to/samtools_mcp.py` на фактический путь к вашему файлу `samtools_mcp.py` .\n\n## Использование\n\n### Основные команды\n\n1. Просмотреть BAM-файл:\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. Сортировать BAM-файл:\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. Индексный BAM-файл:\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### Расширенное использование\n\n1. Просмотр конкретного региона с флагами:\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. Сортировать по названию прочитанного:\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. Рассчитать глубину с несколькими входными файлами:\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## Внося вклад\n\nВклады приветствуются! Пожалуйста, не стесняйтесь отправлять запрос на включение.\n\n## Лицензия\n\nДанный проект лицензирован по лицензии MIT — подробности см. в файле LICENSE.","Russian","ru-RU",{"_27":72,"_31":75,"_36":76},{"_29":73,"_31":32,"_33":74},"SAMtools 的模型控制协议实现，为处理 SAM/BAM/CRAM 文件提供了标准化接口。","# SAMtools MCP（模型控制协议）\n\nSAMtools 的模型控制协议实现，为处理 SAM/BAM/CRAM 文件提供了标准化接口。\n\n## 特征\n\n* 查看和转换 SAM/BAM/CRAM 文件\n* 对比准文件进行排序\n* 索引 BAM/CRAM 文件\n* 生成统计数据\n* 合并多个 BAM 文件\n* 计算读取深度\n* 索引 FASTA 文件\n* 还有更多...\n\n### 核心能力\n\n* **文件格式支持**：处理 SAM（文本）、BAM（二进制）和 CRAM（压缩）对齐文件\n* **格式转换**：在 SAM、BAM 和 CRAM 格式之间无缝转换\n* **区域特定分析**：提取并分析特定基因组区域\n* **基于标志的过滤**：根据 SAM 标志过滤读取\n* **性能优化**：排序和合并的多线程操作\n* **统计分析**：生成全面的比对统计数据\n\n### 工具概述\n\n| 工具 | 描述 | 主要特点 |\n| ---------- | ---------------- | ----------------------------------------- |\n| `view` | 查看和转换对齐文件 | - 格式转换（SAM/BAM/CRAM）- 区域过滤- 基于标志的过滤- 标题操作 |\n| `sort` | 对比准文件进行排序 | - 基于坐标的排序 - 基于名称的排序 - 每个线程的内存控制 - 多线程支持 |\n| `index` | 索引 BAM/CRAM 文件 | - BAI 指数生成 - CSI 指数支持 - CRAM 指数创建 |\n| `merge` | 合并多个 BAM/CRAM 文件 | - 多文件合并 - 线程启用处理 - 标题协调 |\n| `depth` | 计算读取深度 | - 每个基础深度计算 - 特定区域分析 - 多文件支持 |\n| `flagstat` | 生成比对统计数据 | - 综合标志统计 - 质量检查 - 双端指标 |\n| `idxstats` | BAM/CRAM 索引统计 | - 参考序列统计 - 映射/未映射计数 - 长度信息 |\n| `faidx` | 索引 FASTA 文件 | - FASTA 索引 - 区域提取 - 序列检索 |\n\n## 安装\n\n### 使用 Docker（推荐）\n\n使用 SAMtools MCP 最简单的方法是通过 Docker：\n\n```bash\n# Pull the Docker image\ndocker pull nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# Run the container\ndocker run -it --rm nadhir/samtools-mcp:latest\n\n# To process BAM files, mount a volume:\ndocker run -it --rm -v /path/to/your/bam/files:/data nadhir/samtools-mcp:latest\n```\n\n### 本地安装\n\n1. 克隆存储库：\n\n```bash\ngit clone https://github.com/your-username/samtools_mcp.git\ncd samtools_mcp\n```\n\n2. 安装依赖项：\n\n```bash\npip install uv\nuv pip install -r requirements.txt\n```\n\n## 配置\n\n### MCP 服务器配置\n\n要配置 MCP 服务器以使用 Docker 镜像，请将以下内容添加到您的 MCP 配置文件中：\n\n```json\n{\n \"servers\": {\n \"samtools\": {\n \"type\": \"docker\",\n \"image\": \"nadhir/samtools-mcp:latest\",\n \"volumes\": [\n {\n \"source\": \"/path/to/your/data\",\n \"target\": \"/data\"\n }\n ]\n }\n }\n}\n```\n\n### 本地 MCP 配置\n\n要配置 MCP 使用`uv`运行，请将以下内容添加到您的`~/.cursor/mcp.json` ：\n\n```json\n{\n \"samtools_mcp\": {\n \"command\": \"uv\",\n \"args\": [\"run\", \"--with\", \"fastmcp\", \"fastmcp\", \"run\", \"/path/to/samtools_mcp.py\"]\n }\n}\n```\n\n将`/path/to/samtools_mcp.py`替换为`samtools_mcp.py`文件的实际路径。\n\n## 用法\n\n### 基本命令\n\n1. 查看BAM文件：\n\n```python\nfrom samtools_mcp import SamtoolsMCP\n\nmcp = SamtoolsMCP()\nresult = mcp.view(input_file=\"/data/example.bam\")\n```\n\n2. 对 BAM 文件进行排序：\n\n```python\nresult = mcp.sort(input_file=\"/data/example.bam\", output_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n3. 索引BAM文件：\n\n```python\nresult = mcp.index(input_file=\"/data/sorted.bam\")\n```\n\n### 高级用法\n\n1. 查看带有标志的特定区域：\n\n```python\nresult = mcp.view(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n region=\"chr1:1000-2000\",\n flags_required=\"0x2\",\n output_format=\"SAM\"\n)\n```\n\n2. 按阅读名称排序：\n\n```python\nresult = mcp.sort(\n input_file=\"/data/example.bam\",\n output_file=\"/data/namesorted.bam\",\n sort_by_name=True\n)\n```\n\n3. 使用多个输入文件计算深度：\n\n```python\nresult = mcp.depth(\n input_files=[\"/data/sample1.bam\", \"/data/sample2.bam\"],\n region=\"chr1:1-1000000\"\n)\n```\n\n## 贡献\n\n欢迎贡献代码！欢迎提交 Pull 请求。\n\n## 执照\n\n该项目根据 MIT 许可证获得许可 - 有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。","Chinese","zh-CN","githubUser","locale",{"_80":81,"_13":82,"_91":40,"_92":40,"_16":93,"_94":95,"_31":41,"_121":122,"_129":-5,"_130":-5,"_131":132,"_166":167,"_171":-5,"_102":41,"_172":158,"_105":173,"_174":175},"addedAt","2025-04-06T18:06:53.955138Z",[83,84,85,86,87,88,89,90],"category:bioinformatics","category:code-execution","category:developer-tools","environment:local","hosting:hybrid","language:python","license_grade:f","author:claimed","descriptionMarkdown","descriptionPlainText",5057,"integrations",[96,107,114],{"_97":98,"_29":104,"_105":106},"brand",{"_99":100,"_31":101,"_102":103},"logoSvgPath","M13.983 11.078h2.119a.186.186 0 00.186-.185V9.006a.186.186 0 00-.186-.186h-2.119a.185.185 0 00-.185.185v1.888c0 .102.083.185.185.185m-2.954-5.43h2.118a.186.186 0 00.186-.186V3.574a.186.186 0 00-.186-.185h-2.118a.185.185 0 00-.185.185v1.888c0 .102.082.185.185.185m0 2.716h2.118a.187.187 0 00.186-.186V6.29a.186.186 0 00-.186-.185h-2.118a.185.185 0 00-.185.185v1.887c0 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