methods-mcp

Адаптеры методов Bioconductor для подложки md-lab. Каждый адаптер оборачивает один метод (limma, fgsea, DESeq2, …) в качестве инструмента MCP, поддерживаемого небольшим контейнером FastAPI-in-Docker, который запускает R через rpy2.

Заменяет первоначально запланированный playbase-mcp. OmicsPlayground распространяется по лицензии CC BY-NC-ND (небезопасно для коммерческого использования); мы оборачиваем Bioconductor напрямую. См. md-lab/NOTES.md §3.

Статус

v0.1.0 каркас. Спроектирован только limma, и его контейнер еще не существует — вызовы инструментов возвращают status: "container_unavailable", пока контейнер не будет поставлен. Этот репозиторий существует для проверки паттерна адаптера от начала до конца.

Архитектура

Cowork / Codex / Jupyter
    ↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
    ↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
    ↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
    ↑ result parquet
methods-mcp
    ↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller

Каждый адаптер имеет четыре файла: manifest.yaml, adapter.py, Dockerfile, README.md. См. src/methods_mcp/adapters/limma/ для эталонной структуры.

Основной список поставок (W2–W3)

Одноклеточные данные (Seurat, monocle3, Azimuth) также входят в область действия v0.1 согласно ответам на интервью §Q4.

Установка

pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py            # stdio transport
python mcp_server_http.py       # HTTP transport, port 7102

Реестр сообщества

Как только паттерн будет подтвержден, любой участник сможет выпустить пакет адаптера: manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md. md-lab methods install <name> выполняет выборку из центрального индекса YAML в webwebb56/md-methods-registry. Установка через выборку в стиле Homebrew, а не автоматическое разрешение зависимостей в стиле npm.