md-lab 기질을 위한 Bioconductor 메서드 어댑터입니다. 각 어댑터는 하나의 메서드(limma, fgsea, DESeq2 등)를 rpy2를 통해 R을 실행하는 소형 FastAPI-in-Docker 컨테이너 기반의 MCP 도구로 래핑합니다.
원래 계획되었던 playbase-mcp를 대체합니다. OmicsPlayground는 CC BY-NC-ND(상업적 이용 불가) 라이선스이므로, Bioconductor를 직접 래핑합니다. md-lab/NOTES.md §3을 참조하십시오.
v0.1.0 스켈레톤. limma만 스캐폴딩되어 있으며, 컨테이너는 아직 존재하지 않습니다. 컨테이너가 배포될 때까지 도구 호출은 status: "container_unavailable"을 반환합니다. 이 저장소는 어댑터 패턴을 엔드투엔드로 증명하기 위해 존재합니다.
Related MCP server: dynamic-mcp
Cowork / Codex / Jupyter
↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
↑ result parquet
methods-mcp
↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller각 어댑터는 manifest.yaml, adapter.py, Dockerfile, README.md라는 4개의 파일을 가집니다. 참조 형태는 src/methods_mcp/adapters/limma/를 확인하십시오.
메서드 | 상태 | 컨테이너 |
limma | 스켈레톤 | 빌드되지 않음 |
fgsea | — | — |
fisher_ora | — | — |
DESeq2 | — | — |
WGCNA | — | — |
glmnet + RF | — | — |
survival (coxph) | — | — |
sva + ComBat | — | — |
인터뷰 답변 §Q4에 따라 단일 세포(Seurat, monocle3, Azimuth) 분석도 v0.1 범위에 포함됩니다.
pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py # stdio transport
python mcp_server_http.py # HTTP transport, port 7102패턴이 확립되면 누구나 manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md로 구성된 어댑터 패키지를 배포할 수 있습니다. md-lab methods install <name>은 webwebb56/md-methods-registry의 중앙 YAML 인덱스에서 가져옵니다. npm 스타일의 자동 해결 방식이 아닌 Homebrew 스타일의 가져오기 방식 설치입니다.
This server cannot be deployed
MCP gateway federating 22 biomedical MCP servers behind one endpoint: gnomAD, ClinVar, HPO, VEP.
Hosted MCP tools for FFmpeg-style video and audio processing through FFMPEG API.
MCP server for progressive tool usage at any scale (see https://klavis.ai)
Remote MCP server for 4chems hosted IUCLID, CHESAR and QSAR Toolbox: onboarding, inquiries, admin.