methods-mcp

md-lab 기질을 위한 Bioconductor 메서드 어댑터입니다. 각 어댑터는 하나의 메서드(limma, fgsea, DESeq2 등)를 rpy2를 통해 R을 실행하는 소형 FastAPI-in-Docker 컨테이너 기반의 MCP 도구로 래핑합니다.

원래 계획되었던 playbase-mcp를 대체합니다. OmicsPlayground는 CC BY-NC-ND(상업적 이용 불가) 라이선스이므로, Bioconductor를 직접 래핑합니다. md-lab/NOTES.md §3을 참조하십시오.

상태

v0.1.0 스켈레톤. limma만 스캐폴딩되어 있으며, 컨테이너는 아직 존재하지 않습니다. 컨테이너가 배포될 때까지 도구 호출은 status: "container_unavailable"을 반환합니다. 이 저장소는 어댑터 패턴을 엔드투엔드로 증명하기 위해 존재합니다.

아키텍처

Cowork / Codex / Jupyter
    ↓ MCP tool call: limma(intensity_parquet=..., contrast=..., ...)
methods-mcp (FastMCP, this repo)
    ↓ HTTP POST /run
method-limma container (FastAPI + rpy2, separate repo)
    ↓ rpy2
R: limma::eBayes(limma::lmFit(...))
    ↑ result parquet
methods-mcp
    ↑ {results_parquet, summary, methods_sentence, provenance}
Caller

각 어댑터는 manifest.yaml, adapter.py, Dockerfile, README.md라는 4개의 파일을 가집니다. 참조 형태는 src/methods_mcp/adapters/limma/를 확인하십시오.

핵심 배포 목록 (W2–W3)

인터뷰 답변 §Q4에 따라 단일 세포(Seurat, monocle3, Azimuth) 분석도 v0.1 범위에 포함됩니다.

설치

pip install -e ".[dev]"
pytest
# run server
python mcp_server.py            # stdio transport
python mcp_server_http.py       # HTTP transport, port 7102

커뮤니티 레지스트리

패턴이 확립되면 누구나 manifest.yaml + adapter.py + Dockerfile + README.md로 구성된 어댑터 패키지를 배포할 수 있습니다. md-lab methods install <name>은 webwebb56/md-methods-registry의 중앙 YAML 인덱스에서 가져옵니다. npm 스타일의 자동 해결 방식이 아닌 Homebrew 스타일의 가져오기 방식 설치입니다.